──あいしてるってなんですか？ かつて自分に愛を教え、与えようとしてくれた、大切な人。会いたくても会えない。永遠に。手を離してしまった、大切な大切な人。 代筆業に従事する彼女の名は、〈ヴァイオレット・エヴァーガーデン〉。 幼い頃から兵士として戦い、心を育む機会が与えられなかった彼女は、 大切な上官〈ギルベルト・ブーゲンビリア〉が残した言葉が理解できなかった。 ──心から、愛してる。 人々に深い傷を負わせた戦争が終結して数年。 新しい技術の開発によって生活は変わり、人々は前を向いて進んでいこうとしていた。 しかし、ヴァイオレットはどこかでギルベルトが生きていることを信じ、ただ彼を想う日々を過ごす。 ──親愛なるギルベルト少佐。また今日も少佐のことを思い出してしまいました。 ヴァイオレットの強い願いは、静かに夜の闇に溶けていく。 ギルベルトの母親の月命日に、 ヴァイオレットは彼の代わりを担うかのように花を手向けていた。 ある日、彼の兄・ディートフリート大佐と鉢合わせる。 ディートフリートは、ギルベルトのことはもう忘れるべきだと訴えるが、 ヴァイオレットはまっすぐ答えるだけだった。「忘れることは、できません」と。 そんな折、ヴァイオレットへ依頼の電話がかかってくる。依頼人はユリスという少年。 一方、郵便社の倉庫で一通の宛先不明の手紙が見つかり……。

洪水やかんばつが相次ぎ、およそ10年もの長い期間続いた応仁の乱が勃発（ぼっぱつ）した1400年代の半ば。アシュラは荒野と化した京都でケダモノのように育ち、生き抜いていく。そんな中、優しい少女・若狭や法師の教えにより、言葉や笑うことを覚えたアシュラ。しかし天災が訪れ、人々は貧困によって追い詰められていく。

かつて世界の危機を救ってきた9人のサイボーグ戦士たちは、故郷へと帰りそれぞれの人生を送っていた。しかし、2013年、各国で同時多発爆破のテロ事件が発生、ギルモア博士により再び集結する。その頃、009こと島村ジョーは、その記憶をリセットされ東京で高校生として暮らしていたのであった。

平和な町・亀有に突然ふってわいたUFO目撃騒動、突如現れたミステリーサークルも手伝って、亀有はさながらUFOの一大観光名所！？そんな中、おなじみの派出所メンバー一行はトラブル・メーカー両津に留守番を言いつけ、慰安旅行でハワイへ…しかし、ハワイでもトラブルを巻き起こした両津は地元警察から指名手配される身に、必死に逃亡する両津を救ったのは、セスナを華麗なテクニックで操縦する謎の美少女ミーナだった。間一髪で窮地を脱した両津は、小学生時代の親友・竜平と再会するため一路ハワイ島のヒロへ。しかし、そこで両津は、竜平が愛娘を残し、既に謎の死をとげたという衝撃の事実を知る。そして、その娘こそがミーナだったのだ…にわかには信じられない話に、両津はミーナとともに竜平の死の謎を探るべく、無謀にもゼロ戦で日本へと向かう。しかし、二人がたどり着いた東京は、謎の超巨大UFOより発せられた強大な竜巻＜トルネード＞によって破壊されていたのだ！そして、その攻撃の矛先は愛すべき下町・亀有にも向けられようとしていた！はたしてUFOの正体は？竜平の死の謎とは？いま下町の、いや、人類の運命は、両津とミーナの手にゆだねられてしまった…