Lang tid efter jorden blev lagt øde af endnu en verdenskrig, regerer prinsesse Nausicaä over folket fra vindens dal. Den nye verden er også barsk og krigerisk, så Nausicaä må kæmpe hårdt mod andre stammer - for slet ikke at tale om gigantiske giftige biller, der ikke er kendetegnet ved deres villighed til at forhandle og indgå kompromiser.

En ensom rejsende fra år 2035 skal løse en gåde, der kan redde hans folk. men den kan også føre ham til afgrunden af sindssyge. Efter at det meste af verdens befolkning er blevet udslettet af en dræbervirus, må de overlevende bo i små samfund under jorden. Cole 'melder sig frivilligt' til at rejse tilbage til fortiden for at skaffe en ren virusprøve, så man kan fremstille en kur. Undervejs møder han den smukke psykiater og den næsten sindssyge. Men tiden er kort, mens Cole leder efter The Army of the 12 Monkeys, en yderliggående gruppe med forbindelse til den dødelige sygdom.