En overmodig ung romvesen tar eksamen i bortføring bak kontrollene på et romskip, der han må forsøke å bortføre en sovende bonde, under de vaktsomme øynene til instruktøren hans.

Ben klarer ved et uhell å sette Omnitrixen på Selvødeleggelsesmodus og den vil ødelegge universet vis den ødelegges. Tetrax og vennen hans Gluto tar med Ben og Gwen ut i verdensrommet for å finne Omnitrixens skaper Azmuth for få deaktivert Omnitrixens Selvødeleggelsesmodus.

Mens SG-1 ser på at Ba'al skal bli henrettet, den eneste gjenlevende av Goa'ulds systemherrer, forsvinner plutselig Vala og Teal'c i løse luften. Carter, Daniel og Mitchell drar tilbake til en forandret verden der Stargate-programmet ikke eksisterer. Mens de prøver å overbevise myndighetene om hva som har skjedd kommer hundrevis av Goa'uld morskip i bane rundt jorden. De ledes av Ba'al, hans dronning Qetesh (Vala), og hans første prime Teal'c. De gjenværende medlemmene av SG-1 må finne Stargaten og gjøre ting riktig igjen før Goa'uldene tar over.

Denne spennende spillefilmen tar opp tråden der tv-serien "Stargate SG-1" sluttet. Portallaget, som består av Daniel Jackson (Michael Shanks), Vala (Claudia Black), Teal'c (Christopher Judge), Sam (Amanda Tapping) og Cam (Ben Browder) kastes ut i sitt til nå mest fantastiske eventyr. I jakten på et av De gamles apparater som de håper kan overvinne de undertrykkende oriene, oppdager laget at oriene har planlagt et fullt angrep på Jorden, og at en dobbeltagent er om bord på Odyssey!

For kort tid siden var Aborville en fredfull by. Nå er den på vei til å bli et helvete på jord. Men det er ingen voksne som tror på ungdommenes advarsler om at noe ondt er sent ned fra rommet. Nyfilmatisering av öTruselen fra verdensrommetö.

Susan Murphy (Reese Witherspoon) fra California blir helt ut av det blå truffet av en meteor dekket av utenomjordisk gørr på bryllupsdagen sin. På mystisk vis vokser hun og blir 15 meter høy. Militæret rykker ut og klarer å fange Susan. De tar henne med seg og sperrer henne inne i et hemmelig statlig anlegg. Her får hun et nytt navn, Megarella, og holdes fanget sammen med en lurvete gruppe av monstre; den briljante Dr Cacherlach (Hugh Laurie) med insekthode, den tøffe halvt ape - halvt fisk med navnet The Missing Link (Will Arnett), den geléaktige og uknuselige B.O.B. (Seth Rogen) og den 100 meter høye marken som de kaller Insektosaurus. Deres fangenskap blir plutselig slutt da en mystisk utenomjordisk robot lander på jorden og starter å ødelegge landet. I et øyeblikk av desperasjon blir Presidenten (Stephen Colbert) overtalt til å hyre den merkelige gjengen av Monstre for å bekjempe roboten og redde verden fra den nært forestående ødeleggelsen.