活字の存在しない未来の管理社会を描いたレイ・ブラッドベリの小説を映画化。主人公モンターグは禁止されている書物の捜索と焼却にあたる有能な消防士だったが、クラリスという女性と知り合った事から本について興味を持ち始める。やがて読書の虜となった彼の前には妻の裏切りと同僚の追跡が待っていた……。

ミュータント人類と猿類との戦争は、地球の消滅で幕を閉じた。コーネリアスとジーラはその直前に宇宙船で脱出したが、たどり着いたのは1973年の地球であった。最初はサルを好意的に受け入れた米国社会だったが、地球の未来が「サルによる人間の支配」であることが判明し、動揺が広がる。人間達はコーネリアス達を疎むようになり、2匹は命を狙われ始める。

コーネリアスの語ったとおり、疫病により犬や猫は死滅し、猿が第一位のペットとなった。1991年、日々深まるサルたちの奴隷としての扱い、コーネリアスの息子シーザーの養父も同然だった人間アルマンドの死をきっかけに、シーザーは反乱を決意。高度の知能とテレパシーを武器に猿たちのリーダーとなり、ついに反乱を起こす。

禁断地帯を旅するテイラーとノバは、突如大きな地割れと炎に襲われテイラーは行方不明となってしまう。テイラーを追ってきたブレントの元にノバが現れ、ノバはテイラーの言付けに従い、ジーラに会うため町に案内する。ブレントはジーラ達の協力で禁断地帯へと向かうが、兵士に発見され地下に逃げ込んだ際、荒廃した地下鉄駅を見付け、未来の地球であることを知る。地下を進みニューヨークの廃墟にたどり着くと人類文明を破壊したコバルト爆弾を信仰し超能力を持つミュータント化した人類に出会う。

シーザーが主導した人間への反乱は、最終的に核戦争へと発展し、地球の支配者は人間から猿に移り変わった。2003年、シーザーは原野に新たな集落を築き、人間を召使としてだが共存して暮らしていた。補佐役である人間のマクドナルドは人間と猿の対等な関係を求めるが、シーザーは過去の経緯から人間の解放に慎重な態度をとっていた。ある日、シーザーは「死んだ両親の記録が壊滅した都市に保管されている」とマクドナルドから聞き、マクドナルドとヴァージルを連れて核戦争で壊滅した都市に向かう。