Gangster Asiong Salonga (ER Ejercito) regeert met ijzeren vuist over de gemene straten van Manilla - totdat hij wordt verraden door een vertrouwde vriend. Manila Kingpin is gebaseerd op het verhaal van de beruchte bendeleider Nicasio 'Asiong' Salonga uit Tondo, Manilla, wiens levensechte verhalen sinds 1961 in verschillende filmversies waren geportretteerd (met Joseph Estrada in de hoofdrol). Het is ook de eerste Filippijnse grote film die in de 21e eeuw in zwart-wit is geproduceerd, evenals de terugkerende actiegenrefilm. Voordat de film werd vertoond, verzocht Tikoy Aguiluz de producenten, via zijn advocaten, om zijn regiecredits in de film en promotiemiddelen te verwijderen, omdat de definitieve versie van de film niet langer als de zijne kan worden omschreven nadat de producenten een hermontage, re-shoot en muziekmix hadden gemaakt zonder zijn betrokkenheid. Hij eiste ook dat hij een director's cut van de film mocht maken.

De magische wereld van Engkantasya en de wereld van de mens verwelkomen een nieuwe toevoeging aan de Kabisote-familie met het nieuwe meisje Ada, Enteng en Faye – een nieuwe prinses van Engkantasya. Terwijl beide werelden blij waren met deze nieuwe toevoeging, mediteert Darkness opnieuw op zowel Engkantasya als de wereld van de mens. In de vorige film verloor Satana, de heerser van Kadiliman (Darkness), haar krachten en werd verslagen door Magenta. Satana werd herboren door het bloed van een verrader en herwon haar krachten en zwoer Enkantasya te vernietigen. Deze keer heeft ze succes.