Mentre els constructors del ferrocarril avancen imparables pel desert d'Arizona en el camí cap al mar, Jill arriba al petit poble de Flagstone amb la intenció de començar una nova vida.

Viena, principis del segle XIX. En plena decadència i assetjat pel penediment, l'antic compositor imperial Antonio Salieri es culpa a si mateix de la mort de Mozart i intenta suïcidar-se. Internat en un manicomi, rep la visita d'un capellà que li proposa la confessió per confortar la seva ànima. Llavors repassa la seva vida i la tortuosa relació amb Mozart, des d'una admiració que barreja amb reprovació moral i odi. Salieri, que basa el seu èxit en la disciplina i el sacrifici, contempla impotent com Mozart crea obres d'una bellesa que mai no podrà assolir. Enfurismat per la pèrdua de protagonisme, farà mans i mànigues per enfonsar la carrera d'en Mozart.

En Charlie Babbitt dirigeix una empresa de venda de cotxes esportius, que està en situació de fallida. Va a l'enterrament del seu pare i s'assabenta que només li ha deixat d'herència un cotxe, mentre que tota la fortuna ha anat a parar a en Raymond, el germà gran que en Charlie ignorava que existís. En Raymond és un autista dotat d'una extraordinària memòria, especialment per als números. En Charlie s'emporta en Raymond de la institució on viu amb la intenció de fer valer els seus drets. Durant un llarg periple, en Charlie passarà de la irritació a l'afecte per al seu germà, indefens davant del menor problema.

Any 1975. Jimmy, Dave i Sean són tres nens que passen la seva infantesa jugant als carrers d'un barri conflictiu de Boston. Un dia, uns homes en un cotxe s'emporten Dave, que patirà abusos sexuals durant uns quants dies. Aquest fet marcarà el futur dels nois. Vint-i-cinc anys més tard, els tres amics es retroben a causa d'una tragèdia: la filla adolescent de Jimmy ha estat assassinada. Sean és policia i investiga el cas. Dave, perseguit encara pel trauma infantil sofert, resultarà ser el principal sospitós del crim.

Com canvia un home el món? És una pregunta que obsessiona Bruce Wayne igual que el fantasma dels seus pares, morts a trets davant dels seus ulls als carrers de Gotham una nit que va canviar la seva vida per sempre. Turmentat per la culpa i la ira, el desil·lusionat hereu industrial desapareix de Gotham i viatja en secret pel món, buscant els mitjans de lluitar contra la injustícia i utilitzar la por contra els que s'aprofiten dels que tenen por. Amb l'ajuda del seu lleial majordom Alfred, el detectiu Jim Gordon - un dels pocs bons policies de les forces de l'ordre públic de Gotham - i Lucius Fox, el seu aliat a la divisió de Ciències Aplicades de Wayne Enterprises, Bruce Wayne allibera el seu imponent alter ego: Batman, un justicier emmascarat que utilitza la força, la intel·ligència i un desplegament d'artefactes d'alta tecnologia per combatre les forces sinistres que amenacen de destruir la ciutat.

La pel·lícula consta de nou trames paral·leles que tenen lloc a la Vall de San Fernando, a Los Angeles: un nen prodigi, el presentador d'un concurs de televisió, un exnen prodigi, un moribund, el seu fill perdut, la dona i el infermer del moribund. Són històries aparentment independents, però que guarden entre si una relació estranya. Magnolia és el retrat de la vida americana vist a través d'una sèrie de vinyetes còmiques i commovedores.

Berlín, octubre del 1989. Uns dies abans de la caiguda del Mur, la mare d'Alex, una dona orgullosa de les seves idees comunistes, entra en coma. Quan desperta vuit mesos després, el seu fill farà el possible i l'impossible perquè no sàpiga que està vivint en una Alemanya reunificada i capitalista. El seu objectiu és convertir l'apartament familiar en una illa ancorada en el passat, una mena de museu del socialisme on la seva mare visqui còmodament creient que res no ha canviat.

Thomas Seyr és un jove de 28 anys dotat per a la música que va deixar les aspiracions musicals de banda amb la mort de sa mare, pianista professional. De llavors ençà, en Tom es guanya la vida executant la feina bruta que li encarrega el seu pare, mafiós involucrat en tèrbols tripijocs immobiliaris. Un retrobament casual fa renéixer en Tom l’oblidada passió per la música. Fastiguejat del món degradant i violent del pare, decideix reprendre les classes de piano per seguir els passos de la seva difunta mare. Aquest canvi de vida sobtat no li serà una tasca fàcil...

Tobi i Achim són amics des de fa anys. Un és timoner, l'altre remer en un equip de rem. Han celebrat nombroses victòries en el passat i esperen amb impaciència disputar la gran regata de la regió. Però ja no és un campament d'estiu i han deixat de ser nens. Quan es torna seriós el flirteig d'Achim amb Sandra, Tobi s'adona que els seus sentiments per a Achim són molt més profunds del que vol admetre. Se sent confús, incòmode, i cada cop més exclòs. En lloc de l'equip femení berlinès tan esperat, hi arriba un equip de joves homosexuals que fan gala de la seva condició. De cop i volta, Tobi i els seus companys es veuen obligats a replantejar-se els seus prejudicis, les seves pors, i qui sap si els seus desitjos més secrets. A mesura que puja la tensió, la confrontació entre els nois sembla tan inevitable com la violenta tempesta que amenaça de deslligar-se sobre el llac.

Després de passar el pitjor dia de la seva vida, el descontent reporter de televisió Bruce Nolan aconsegueix un poder diví, ja que recrimina a Déu que no té ni idea de com està portant "l'assumpte". Davant aquest desafiament, Déu decideix donar-li tots els seus poders per veure si és capaç de fer-ho millor que Ell.