Een wetenschapper bouwt een tijdmachine. Hij gebruikt deze om een verre toekomst te onderzoeken, waar er twee rassen zijn: een vriendelijk ras, en een kannibalistisch ras dat ondergronds leeft.
Ted en Bill zullen niet slagen als ze geen voldoende halen voor hun presentatie geschiedenis. Een zekere Rufus komt met een telefooncel uit de toekomst om ze te helpen. Samen reizen ze door de tijd om onderzoek te doen voor de presentatie.
Een tiener uit New York is geobsedeerd door klassieke kung-fu films. Op een dag doet hij een buitengewone ontdekking in Chinatown: hij vindt de legendarische Ru Yi-staf van de Chinese strijder Sun Wukong "the Monkey King". Met het verloren gewaande overblijfsel in handen wordt de tiener onverwacht teruggestuurd naar het oude China om daar de ware betekenis van kung-fu te leren.
Bill en Ted worden vermoord door kwaadaardige robot-dubbelgangers, die afkomstig zijn vanuit de toekomst, waar ze gestuurd zijn door de slechte DiNomolos. De jongens moeten nu ontsnappen uit de hel, de Grim Reaper uitdagen, God ontmoeten, en de slechte Bill en Ted verslaan.
In het jaar 2304 wordt de aarde met een invasie bedreigd. De laatste hoop voor de mensheid moet uitgerekend de (T)Raumschiff-bemanning van de "Surprise" zijn, die zich ergens in de ruimte zitten te vervelen.
April wil van haar vakantie genieten maar gaat eerst nog even met cadeau's langs bij Splinter, de rat, en de vier schildpadden. Tussen haar cadeaus zit ook een scepter met een eigenaardige inscriptie. Als ze deze voorleest verdwijnt ze naar het Japan anno 1303 en verschijnt er een prins uit die tijd in haar plaats bij de Turtles.
Nick (Craig Robinson) en Jacob (Clark Duke) gebruiken hun bubbelbad, waarmee ze door de tijd kunnen reizen, om terug te keren naar het verleden nadat Lou (Rob Corddry) in de problemen is geraakt. Per ongeluk belanden ze echter tien jaar in de toekomst. Om hun huidige leven te kunnen beschermen zullen ze er iets moeten veranderen.
Een minder stabiele elf, Bernard, ontdekt dat de enige manier om een aanval op de Noordpool te voorkomen tijdreizen is. Hij moet hiervoor het geheim van de kerstman zijn slee gebruiken: de 'Time Globe'. Hiermee kan hij terug in de tijd reizen en de kerstman redden. Maar misschien is het één keer redden van de kerstman wel te weinig.