I en hærget, fremtidig verden, hvor ganske få mennesker har overlevet en dødelig virus, har en nation af genetisk udviklede aber vokset sig stærke, stiftet familie og ligner den dominerende race. Aberne lever i fred anført af den vise chimpanse Caesar, der var den første af sin slags, og som forstår og respekterer menneskets natur. Men freden skal vise sig skrøbelig, da et oprør ulmer hos de desperate mennesker. Snart er dyr og mennesker på kanten af en krig, hvor begge sider kæmper for intet mindre end artens overlevelse.
På den internationale rumstation ISS gør seks forskere en sensationel opdagelse, da en jordprøve fra Mars' overflade indeholder en encellet organisme. Det lykkes forskerne at vække organismen til live i laboratoriet, men fortryder dog hurtigt, da livsformen tilpasser sig sit nye miljø med skræmmende hast og styrke.
Under en mission til Mars kommer en blind passager til at gøre alvorlig skade på rumskibet hvilket truer besætningens liv, der er for langt fra Jorden til at kunne vende om. Derfor må en læge og en biolog tænke kreativt for at redde de ombordværende inden de løber tør for ressourcer.
I denne fortsættelse tager de tre musketerer Babe, Ferdy og fru Hoggett på et felttog til en stor by, hvor det til trods for utrolige forhindringer lykkes dem at forvandle fjender til venner, skaffe nok penge til at redde gården og slå de to verdener sammen til én.Det er endnu en gang Babes gode og vedholdende hjerte, der gør miraklerne mulige.