デス・スター壊滅の痛手から復活した帝国軍の前に、今や雪の惑星ホスで機会をうかがうしかない反乱軍。総攻撃を前にホスを脱出したレイアやハン・ソロたちは雲の惑星ベスピンへと旅立つが、ひとりルークはフォースの訓練を積むために伝説の＜ジェダイ・マスター＞ヨーダの住む惑星ダゴバへと向かった。ベスピンのクラウド・シティでソロの友人ランド・カルリシアン男爵の歓待を受けるレイアたち。だがそれはダース・ベイダーの仕組んだ罠だった。

巨大な宇宙貨物船に侵入した一匹の異星生物の恐怖。地球への帰途についていた宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受けて未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在していた。卵から飛び出した奇妙な生物が顔に貼り付いた航宙士ケインを回収し、ノストロモ号は再び航海につくが、彼の体内にはすでに異星生物の幼体が産みつけられていたのだ。ケインの腹を突き破り姿を現したエイリアンは脱皮を繰り返し巨大に成長、一人また一人と乗組員を血祭りにあげていく……。

スタンリー・キューブリックがA・C・クラークのアイディアを基に製作したSF映画の金字塔。 月に人が住むようになった時代。月のティコクレーターの地中からの謎の石碑「モノリス」が発掘され、合衆国宇宙評議会のフロイド博士が調査に向かう。それから18カ月後、最新型人工知能「HAL 9000型コンピュータ」を搭載した宇宙船ディスカバリー号は、デビッド・ボウマン船長、フランク・プールら5人のクルーを乗せて木星探査に向けて航行していた。しかし、その途上でHALが探査計画に対して疑問を抱いていることを打ち明ける。ボウマンとプールはHALの不調を疑い、いざというときはHALの回路を切断することを決めるが、それを知ったHALは反乱を起こす。

反乱同盟軍のルークとレイア姫は、悪党ジャバ・ザ・ハットに身柄を奪われた仲間のハン・ソロを奪回すると、帝国軍との決戦に備える。ルークは帝国の皇帝もいる新たな基地衛星、第2デス・スターが軌道上に浮かぶ森の惑星エンドアに潜入。住民イウォーク族を味方につけるのに成功する。だがそこへ帝国の最新兵器陣も到着。やがてルークは、かつて自分がルークの父親だと言い放った宿敵ダース・ベイダーと再会し、最後の対決に挑むのであった。

銀河共和国と分離主義勢力の対立が生んだクローン大戦勃発から3年後。共和国のパルパティーン最高議長が分離主義者ドゥークー伯爵に誘拐された事件を、ジェダイ騎士オビ＝ワンとその弟子アナキンは解決。騎士として認められたアナキンだが、ジェダイと対立するシスのパルパティーンはフォース（理力）のダークサイド（暗黒面）にアナキンを誘い込む。同じころ、アナキンと結婚したパドメはアナキンの子どもである双子を身ごもる。

人類を同化するというボーグの最初の試みが失敗してから6年。ボーグは再び人類を同化するため侵略を開始した。彼らはゼフラム・コクレーンによる人類初のワープ飛行を阻止し、人類が彼らに抵抗できる技術力を持つ前に同化を完了するために過去にタイムトラベルした。ピカード艦長と彼の乗組員は新たに建造されたUSSエンタープライズEで過去の地球へタイムトラベルし、ボーグの企みを阻止しなければならない。

23世紀。カークらUSSエンタープライズの乗組員たちはスポックの故郷バルカン星で暮らすが、船を勝手に動かした責任を取る覚悟で地球に戻ろうと決心。同じころ地球に強力な電波を発信する異星の探査船が接近する。電波のせいで滅亡寸前になった地球だが、カークたちは探査船を送ったエイリアンの目的がザトウクジラだと気付く。エイリアンは太古から地球のザトウクジラと交信していたが、ザトウクジラは21世紀に絶滅していた。

23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。

若き考古学者ダニエルは、70年前の謎の遺跡で発掘された巨大な「環」へと案内される。軍の依頼により、長年解読不可能だった石板に刻まれた古代文字を説き明かした途端、凄まじい轟音と光の渦の中で何千年もの間封印されていた「環」の力が解き放たれた。

遠い昔、はるかかなたの銀河系で…。銀河共和国と対立するようになった通商連合が銀河の重要な交易ルートである惑星ナブーを封鎖する事件が起き、共和国から２人のジェダイ騎士、クワイ＝ガン・ジンとその弟子オビ＝ワンがナブーに派遣される。命を狙われた２人は、ナブーの女王アミダラを連れて星をあとにする。やがて一行はやむをえず、砂漠の惑星タトゥイーンに到着するが、強いフォース（理力）を持つ９歳の少年アナキンと出会う。

青年へと成長したアナキン・スカイウォーカーはオビ＝ワン・ケノービの指導の下、フォースの力を習得し優秀なジェダイの騎士となるべく修行に励んでいた。その頃、銀河元老院では、ドゥークー伯爵の画策により、数百もの惑星が一斉に共和国からの脱退を宣言する。これにより、ジェダイだけでは銀河を統治できないと判断した元老院では、クローン軍隊の是非を問う重要な投票が行われようとしていた。この会議に出席するため惑星コルサントに向かっていたナブーの元女王アミダラは、途中で何者かに命を狙われる。オビ＝ワンとアナキンはこの事件の調査のためナブーへと派遣されるのだったが…。

USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。

時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。

雲状の巨大な何かが銀河系を通って地球に向かって突き進んでくる。提督に昇進したカークだが、かつて自分が率いたUSSエンタープライズと乗組員たちを、あらためて率いるよう依頼される。カークはそこにかつての部下たちを召集するが、物体は地球まであとわずかという距離に接近。“何か”の中に“ヴィジャー”と名乗る謎の存在がいることを突き止めるが、“ヴィジャー”は自身を作り出した創造主“クリエイター”を捜していた。

地球の中世時代のよう牧歌的な雰囲気をもつバクー人の惑星で調査活動を続けていたアンドロイドのデータ少佐に異変が起きた。実はバクー星は、基地も隊員もホログラム映像で偽装し、惑星連邦とソーナ人が共同で密かに観察していたのだ。誤作動が起こったデータはホログラムを解除、隊員達を人質にしてしまった。エンタープライズ号艦長ピカードはバクーに駆けつけ、ソーナ人のルアフォ総統に破壊されようとしていたデータを何とか回収した。ピカードはデータ誤作動の原因を解明していくうちに、バクー人の惑星は不老不死をもたらす特殊な放射線に包まれており、ゾーナ人が連邦のダワティ提督と共謀してバクー人を強制移住させ、永遠の若さの秘密を手に入れようと企んでいたことがわかった。この計画を阻止すべく、ピカードたちは連邦に逆らってでもこの惑星を守ることを決意、ゾーナの巨大戦艦2隻と戦いを繰り広げる。

一等航海士のライカーとカウンセラーのトロイの結婚が決まり、トロイの故郷ベタゾイドで行われる祝宴に向かうピカード艦長とエンタープライズ号のクルーたち。途中、ある惑星でデータそっくりの不審なアンドロイドを発見。原因不明のまま、ひとまず航行を続けていたエンタープライズに、今度は艦隊司令部のジェーンウェイ提督から長年対立関係にあったロミュランに向かうよう緊急指令が入る。ロミュランに政変が起り、新執政官シンゾンから講和を結びたいとの申し入れがあったというのだ。急ぎ、エンタープライズはロミュランに進路をとるのだった。

宇宙の中立地帯に浮かび、恒久平和が実現したはずの惑星ニンバス3で反乱が発生し、休暇中だったカークら乗組員たちは、USSエンタープライズでニンバス3へ急行する。反乱を率いるのはカリスマ的なバルカン人サイボックだが、彼はカークの部下スポックの異母兄弟だった。ニンバス3で反乱軍に負けたカークたちは敵にUSSエンタープライズの指揮権を奪われ、銀河の中心にある人類未踏の地“グレートバリア”に向かわされる。