És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.
John MacClane, un dur policia novaiorquès, va a Los Angeles per passar uns dies de vacances amb els seus fills i la seva dona Holly. En el transcurs de la festa nadalenca que l'empresa de Holly dóna al modern edifici Nakatoni, aquest és assaltat per un suposat grup terrorista liderat per un megalòman anomenat Hans Gruber.
Als Estats Units, a l'època de la Llei Seca, Michael Sullivan treballa com a sicari per a un cap mafiós, John Rooney. Sullivan es va quedar orfe de petit, i Rooney el va acollir i estimar com a un fill, fins i tot més que al seu propi fill Connor, poc de fiar. En Mike, el fill gran de Sullivan, és un nen que vol saber com es guanya la vida el seu pare i un dia, aprofitant que aquest acompanya Connor Rooney a fer un encàrrec, s'amaga dins el seu cotxe, sense saber que serà testimoni d'un fet que acabarà tenint greus conseqüències per al seu pare i per a tota la família.
Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.
Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.
Una parella de policies de Nova York viatja al Japó per entregar un mafiós a la policia nipona, però aquest aconsegueix escapar-se. De manera obsessiva decideix quedar-se al Japó per capturar-lo, però xoca amb les tradicions del país.
La pel·lícula, basada en la popular sèrie de televisió dels anys 70, explica la història de Natalie, Dylan i Alex, tres investigadores privades d'elit que treballen per un home misteriós a qui anomenen Charlie. Els tres àngels de Charlie busquen un home que han segrestat. Es tracta de Knox, un geni de la informàtica.