フィフスセクターからの命令により強化合宿へ参加させられた天馬たち雷門イレブンが連れてこられたのは、広大な自然のある謎の島。 ところがそこは、強力なサッカープレイヤー「シード」を生み出すための訓練施設がある島『ゴッドエデン』であった！ そこに現れたのは、白竜率いるシードのチーム「アンリミテッドシャイニング」。 状況を理解する間もなくアンリミテッドシャイニングとの試合が強制的に開始される。シードの圧倒的な強さの前に雷門イレブンは大敗してしまう。 ボロボロに打ちのめされた雷門イレブンが目を覚ますと、行方不明になっていた円堂守の姿があった！ シードとの再戦が決まり特訓が始まる。島のことに詳しい少年・シュウの協力で、メキメキと力を付けていく雷門イレブン。 しかし、シュウにはある秘密があった・・・。 迎えたシードとの再試合。強力な化身を繰り出すシードに苦戦する雷門イレブンは圧倒的不利な状況の中、どう戦うのか！ 限界を越えた化身バトルを見せる雷門VS究極のシード軍団。さらに、あの“伝説のイレブン”も復活する。試合はかつてない激闘をみせる中、雷門イレブンの絆“魔帝グリフォン”はシードを打ち砕くことができるか!?

アヒル飼いのトンは、 金持ちのお坊ちゃんに八百長を頼まれた試合で優勝してしまい、 村にいられなくなってしまう。街へ向かう途中、 スリにあったトンが投げつけたスイカがサッカー王キンの車に命中し大目玉を食らう。懲りないトンは、 プロサッカーチームの入団試験を受けに行くが、 なんと試験管は、 あのキンだったのだ…。

フランス代表チームが中国代表に勝利した直後、フランス代表を率いるイヴ・グルアン監督が何者かに殺される事件が発生する。そして混乱の中、彼が身につけていた高価なダイヤの指輪“ピンクパンサー”が消えてしまう。捜査を指揮するドレイフェス警視は、意外にもドジなクルーゾー警部を捜査に抜擢する。そうして世間の注目を彼に集中させ、自分はのびのびと捜査を進めて手柄を独り占めにしようという魂胆だったのだが…。