警官を射殺して捕らえられた麻薬中毒の少女ニキータは、政府の秘密機関に属する暗殺者になることを迫られる。3年後、特訓の末にプロの殺し屋になった彼女は恋に落ち、幸せな日々を望んで苦悩するのだった。

大統領の友人がクルーザーの中で一家皆殺しにされる。CIA情報担当副長官ジャック・ライアンは、被害者が麻薬組織の金の洗濯係だったことを突き止めた。大統領は密かに組織への攻撃を補佐官に命令する。 CIA作戦担当副長官は密かに特殊部隊をコロンビアに送り込む。麻薬王の情報係コルテズはボスの地位を乗っ取るため補佐官に取引を持ちかけ、攻撃の中止を約束させる。 それを知ったライアンは見殺しにされようとしている隊員たちを救うために現地に向かうが、全ては彼のせいだと聞かされているCIA工作員クラークが殺害命令を受けて待ち構えていた。

パリの街にそれぞれ爆弾を仕掛け、うつろな目の若者たちが集合したのは閉店後の高級デパートだった。緊張感が漂うなか、若者たちはここで夜を明かすのだ。

人類の生存を賭けた格闘技大会、モータル・コンバットが開催される。人間の格闘戦士と暗黒魔界の戦士たちとの死闘が東洋の孤島で繰り広げられるのだ。ゲームソフトを原作に描くSFX。