《これは、ゲームであっても遊びではない。》 世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、 １万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。 鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、 キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。 女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが…… 攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。 本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。 その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。 死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、 アスナとキリトを巻き込んでいく――！

裕福な両親に愛され、何不自由ない生活を送っていた、ヴァイオレット、クラウス、サニーというボードレール家の3きょうだい。ところが自宅が火事で全焼して両親は命を落としてしまう。両親からの巨額な遺産は、ヴァイオレットが成長するまで使えず、3人は遠縁にあたるオラフ伯爵のもとに引き取られることとなる。3人が、伯爵が彼らが受け取れるはずの遺産を付け狙っていると気付く一方、伯爵は3人を亡き者にしようとたくらむ。

東シナ海を優雅に航海していた豪華客船が突然何者かに襲われる。それは深海に棲息する人食いモンスターで、3000人の乗客のうち生き残ったのはたったの3人。そしてまだ、恐怖は続いていた……。

ジェレミット、キャサリン、メイス、シンデルの親子は母星を離れ宇宙船で飛行中、エンドアという星に不時着。そのうえジェレミットとキャサリンは森でゴラックスという怪物に捕らえられてしまう。あとには幼い兄妹メイスとシンデルが残されるが、幸いエンドアの住人であるイウォークに救われ命拾い。心優しく聡明なイウォークたちは2人に食料や薬を与え、両親がゴラックスに捕らえられた事実まで探り出す。両親の危機を知り、何としても救いに行きたいメイスとシンデル。イウォークたちもその熱意に打たれ危険を承知で同行を決意する。

遺伝子工学者ブルース・バナーは、実験装置の事故で大量のガンマ線を浴びてしまう。命に別状はなかったが、以来、彼は何度も強い怒りに我を忘れそうになり、ついにその怒りがピークに達した時、彼は怪力を持つ巨人ハルクに変貌する。その後もブルースは何度もハルクに変身するが、我に返ると自分が引き起こした惨事に苦悩する。実は元をたどれば同じく遺伝子工学者だった彼の父デヴィッド・バナー博士の研究に端を発していた。