Kiedy kilka statków zostaje zatopionych w wyniku eksplozji w pobliżu wyspy Odo, przez Japonię przechodzi fala niepokoju. Ekspedycja prowadzona przez paleontologa, profesora Kyohei Yemani, odkrywa niewyobrażalne źródło niszczycielskiej siły: 50 metrowego potwora, którego tubylcy z wyspy Odo nazywają Gojira. Potwór zaczyna szaleć, a groźba zupełnego zniszczenia zawisa nie tylko nad Japonią, ale i nad resztą świata.

W Instytucie Cybernetycznym w Tsukuba w Japonii naukowcy pracują nad najdoskonalszym tworem myśli technicznej jaki kiedykolwiek pojawił się na ziemi - Mechagodzillą. Jest to śmiercionośna maszyna, elektroniczny potwór, niezwyciężona forteca zbudowana na podobieństwo Godzilli. W tym samym czasie ekipa japońskich archeologów prowadząca poszukiwania na jednej z wysp Morza Beringa odkrywa prehistoryczne jajo, które prawdopodobnie liczy sobie ponad 65 milionów lat. Znalezisko przetransportowane zostaje do Narodowego Instytutu Biotechniki w Kioto, gdzie ku zaskoczeniu wszystkich wykluwa się z niego dziecko Godzillosaura. Uśpiona do tej pory Godzilla wyrusza na poszukiwanie małego siejąc po drodze grozę i spustoszenie. Żeby odzyskać młode będzie musiała pokonać w bezwzględnej konfrontacji swojego elektronicznego sobowtóra.

W Japonii odnaleziono jajo Mothry porwane przez huragan z wyspy dzieciątka. Banzo Torhata widzi w tym okazje do zbicia fortuny. Bliźniacze kapłanki z wyspy proszą go, aby zwrócił jajo w przeciwnym razie larwa po wykluciu spowoduje ogromne zniszczenia poszukując jedzenia. Torahata odmawia i próbuje porwać kapłanki. Pomagają im reporterzy Ichiro Sakai i Junko Nakanishi i wspólnie próbują przekonać Torahate do zwrotu jaja. Po kolejnej odmowie Torahaty kapłanki odlatują z Mothrą na wyspę dzieciątka. W między czasie Godzilla po raz kolejny sieje spustoszenie w Japonii. Mothra jest jedyną nadzieją na uratowanie Japonii i swojego potomstwa.

Pierwsza kontunuacja orginalnej, japońskiej "Gojiry" z 1954 roku. Dwaj lotnicy pracujący dla filmy produkującej konserwy rybne, Tsukuoka i Kobayashi zauważają na pewnej skalistej wysepce dwa walczące ze sobą potwory. Jednego z nich od razu rozpoznają - to Godzilla. Natomiast drugi już niedługo zostaje zidentyfikowany jako Anguirus. Wkrótce oba potwory przybywają do Osaki i tam walczą ze sobą jednocześnie siejąc zniszczenie. Japonia po raz drugi przeżywa koszmar Godzilli. Sytuacja jest tym gorsza, że jedyna broń mogąca pokonać potwora już nie istnieje, a jej wynalazca popełnił samobójstwo.

Tytułowi wojownicy mierzą się z Ivanem Mazistym - dawnym wrogiem Zordona, który w przeszłości chciał podbić wszechświat. By pokonać wroga, planują zdobyć nową moc.