Szesnasty film o Godzilli i zarazem pierwszy film serii "Heisei". Film nawiązuje do tradycyjnych filmów o Godzilli - działania ludzi z bronią jądrową budzą potwora i prowokują go do ataku na Tokio. Jako tło do zniszczeń czynionych przez Godzillę zobaczymy walkę mocarstw z czasów Zimnej Wojny. Tym razem Japonii grozi nie tylko Godzilla, ale i komunistyczna Rosja.

Księżniczka Selina jako jedyna ocalała z katastrofy samolotu. Uznana za zmarłą, niespodziewanie dociera do Japonii, gdzie opiekę nad nią powierzono detektywowi Shindo. Księżniczka twierdzi, że pochodzi z Marsa, którego cywilizacja została zniszczona przez potwora Ghidorah. Tymczasem profesor Murai i jego ekipa badają olbrzymi meteor, który niedawno spadł na ziemię. Meteor okazuje się być jajem, z którego wykluwa się trójgłowy Ghidorah. Przeciw niemu stają w walce Godzilla, Mothra i Rodan. Księżniczka Selina też nie jest bezpieczna...

Po zaciekłej walce z Godzillą załodze statku powietrznego dowodzonego przez kapitana Douglasa Gordona udało się uwięzić potwora w lodach bieguna południowego. Lecz wojny i dewastacja środowiska obudziły inne potwory. Ludzkość miały chronić przed nimi Siły Obrony Ziemi. Pewnego dnia na Ziemię przybywają istoty z innej planety, Xilianie, przedstawiający się jako przyjaciele Ziemian. Gdy zostaje ujawniona prawdziwa natura obcych, tylko kapitan Gordon może powstrzymać ich niszczycielską działalność.

Godzilla zamierza uratować swoje dziecko przed atakiem zmutowanych insektów, które powstały w wyniku radioaktywnego deszczu.

Student znajduje tajemnicze urządzenie, dzięki któremu zdobywa nadludzką moc i staje do walki z okrutnymi zoanoidami.