De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.
Enkele Maya-boeren in Guatemala hebben genoeg van hun leven dat wordt uitgebuit. Hun opstandje wordt hard in de kiem gesmoord door het leger. Een broer en zus weten de massamoord te ontvluchten. Zij trekken naar 'het beloofde land', namelijk Los Angeles.
De niet gediagnosticeerde, onbehandelde en over het algemeen ongebonden schizofreen Julien woont samen met zijn zwangere jongere zus Pearl, would-be worstelaar broer Chris, sympathieke grootmoeder en zwaar depressieve Duitse vader.
Begin 20ste eeuw. De Oostenrijkse Egon Schiele is een van de meest controversiële, meest radicale en meest originele kunstenaars van het land. Zijn werk wordt beïnvloed door mooie vrouwen en een tijdperk dat op zijn einde loopt. Hij wordt vooral geïnspireerd door zijn zus en eerste muze Gerti en de 17-jarige Wally, die zich met hem verbindt als de ware liefde en later onsterfelijk wordt gemaakt door het beroemde schilderij „Dood en het Meisje”.
Een vijftienjarige jongen wordt gedwongen om zijn vrienden in Londen te verlaten als zijn familie verhuist naar het rustige Devon. Zijn moeder is zwanger, zijn vader scheldt hem geregeld de huid vol, en zijn achttienjarige zus is seksueel actief, en erg open tegen haar broer.
Een Rus wordt onder invloed van de drug Krokodil met rabiës besmet. Er ontstaat een epidemie waarbij mensen agressief worden en op mensenvlees azen. Te midden van de chaos is er de arts Adam Vargas. Hij wil er alles aan doen om te voorkomen dat zijn zoon geïnfecteerd raakt. Hij begint aan een reis door Venezuela.
Martijn komt voor het eerst in lange tijd zijn vijf jaar jongere zus Daantje opzoeken, die net op kamers is gaan wonen in Amsterdam. Martijn wil met zijn videocamera een documentaire maken over haar leven, maar al snel blijkt er een onopgeloste kwestie uit een ver verleden te bestaan die Martijn wil oprakelen, maar waar Daantje niets mee te maken wil hebben. Door Martijns listige manipulaties komt het tot een indringende confrontatie tussen broer en zus.
De inwoners van Ganymede moeten partners uit een andere wereld vinden, anders zullen ze uitsterven. Ze ontdekken al snel een geschikt fokbestand onder de vrouwtjes van planeet Aarde.
Eve is een jonge en succesvolle advocate. Overdag is ze een toegewijde arbeidskracht, maar in haar vrije tijd een vulgaire vrouw met wilde fantasieën over seks. Een hoogtepunt in haar carrière dient zich aan als ze kandidaat is voor de functie van rechter, maar dit lijkt niet door te gaan als haar kleptomane zus wordt opgepakt.