日本のはるか南にある離島の那歩島(なぶとう)に、デクこと緑谷出久をはじめとする雄英高校ヒーロー科1年A組の面々が到着する。その目的は、伝説的ヒーローであるオールマイトの後継者育成プロジェクトの一環として、島民の生活を助ける期間限定の校外ヒーロー活動をすることだった。しばらく大きな事件が起きていない島で、彼らは忙しく動き回りながらもどこかゆったりと過ごしていた。だがある日、敵(ヴィラン)たちが前触れもなく那歩島に現れる。

幻夢コーポレーションにDr.パックマンを名乗る覆面を被った人物が率いる4人の白衣の一団が襲撃し、檀黎斗 / 仮面ライダーゲンムから、ガシャコンバグヴァイザーと4つのプロトガシャットを強奪する。 そしてその集団は警官隊を全滅させ逃走した。 眼魔との死闘を乗り越えて完全に生き返ることが出来た天空寺タケル / 仮面ライダーゴーストは平和な日々を過ごしていたが、突然街に正体不明のゲームウイルス（パックマンウイルス）が出現し、人々を襲う。タケルは月村アカリや山ノ内御成と共に「不可思議現象」の発生を受け、出動する。 そんな中、同じく仮野明日那 / ポッピーピポパポと共にパックマンウイルスの事件を探っていた宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドとタケルは再会を果たすが、パックマンウイルスに感染した影響でタケルはゴーストドライバーを失う。また、高校生にして大人気ゲーム『ハテサテパズル』を開発した清宮東吾も、パックマンウイルスに感染する。

日本政府は人間の力では対応できない問題をロボットに解決させるARKプロジェクトを進めていたが、その中心人物であるロボット工学の世界的権威・光明寺ノブヒコが実験中の事故で命を落としてしまう。プロジェクトは光明寺のライバルだった神崎と国防大臣・椿谷に引き継がれるが、椿谷は計画を完成させる鍵となるものを光明寺の子どもミツコとマサルが握っているとにらむ。椿谷の魔の手が迫るミツコたちだったが、その前に光明寺が開発した良心回路を内蔵したロボット、ジロー（キカイダー）が現れる。

物語は、大空を覆いつくさんばかりの超巨大浮遊要塞が突然飛来し、総攻撃を開始、世界の大都市が壊滅状態に陥るところからスタートする。仮面ライダーエグゼイド、宇宙戦隊キュウレンジャーが迎え撃つも、圧倒的な大きさと数を有する謎の敵にまったく歯が立たない。だが、その窮地を救うヒーローたちが現れる。死んだはずの九条貴利矢と、見たこともないヒーローの勇姿…。敵はどこから、一体何のために来たのか？命を落としたはずの者たちが、なぜ現れたのか？そして、勝利の行方は…？この途方もない強敵に打ち勝つ鍵は、ヒーローたちが新たな力を手にすること。異空間でレベルアップを繰り返し、「最強」を超えた「最強」のヒーローが誕生する時、想像を絶する奇跡が起きる！！

2012年5月3日、4日にグランドプリンスホテル新高輪で開催の仮面ライダーフォーゼスペシャルイベント 天ノ川学園高等学校 春の学園祭スペシャルの模様を収録。 ＜内容＞ ●仮面ライダーフォーゼ スペシャルショー 本イベントでしか見ることができない完全オリジナルストーリーは必見!大活躍フォーゼとメテオをお見逃しなく! ●仮面ライダーフォーゼ 番組キャストスペシャルトークショー 弦太朗をはじめとして、仮面ライダー部8人が大集合!普段は聞くことができない仮面ライダーフォーゼにまつわるエピソードを聞けるまたとないチャンス！学園祭ならではの企画もあるかも!?