'BlacKkKlansman' volgt het waargebeurde verhaal van de Afro-Amerikaanse agent Ron Stallworth die succesvol de Ku Klux Klan-afdeling van Colorado weet te infiltreren. Hij krijgt hierbij hulp van zijn partner Flip Zimmerman en klimt op tot het hoofd van de divisie.
Christopher en Cathy Dollanganger leven als man en vrouw samen met Cathy's twee zoons, die zich niet bewust zijn van de incestueuze aard van de relatie van hun ouders. Maar wanneer een mysterieuze vrouw naast hem intrekt en vriendschap sluit met de jongere jongen, Bart, begint hij aan een vreemde transformatie en vertoont hij beschuldigend gedrag jegens Cathy en Christopher. Wanneer Christopher ontdekt dat hun mysterieuze buurman in feite zijn moeder Corrine Dollanganger is, worden alle lang verborgen geheimen van de familie onthuld in een tragische climax.
Het verhaal speelt zich af in de Tweede Wereldoorlog, terwijl de Duitsers Tsjechoslowakije bezetten. De vader van de tiener Emilka wordt vermoord door de nazi's, maar ze wordt geselecteerd voor een speciale behandeling omdat ze blond is. Ze wordt ingekwartierd bij de commandant van een concentratiekamp nabij de Baltische kust, waar zijn vriendelijkheid jegens haar de jaloezie van zijn vrouw opwekt, maar in gevaar komt wanneer Emilka getuige is van zijn wreedheid jegens de gevangenen.
Lopaka, een arme Hawaïaanse visser, wordt verliefd op Kokua, een jong meisje van koninklijk bloed. Haar vader weigert hem echter met haar te laten trouwen, tenzij Lopaka hem twee verenmantels van een zeldzame vogel kan brengen. Terwijl hij in de bergen naar de vogel zoekt, ontmoet Lopaka een stervende priester van Pele die hem een wensfles verkoopt waarin Kono, de god van de vulkanen, is opgesloten.