2002年、ウォルターやマイクたちのチームは、「The Boston Globe」で連載コーナーを担当していた。ある日、彼らはこれまでうやむやにされてきた、神父による児童への性的虐待の真相について調査を開始する。カトリック教徒が多いボストンでは彼らの行為はタブーだった。

幼少時に発症したポリオが原因となって、30年以上も首から下が動かない状態にあるマーク。思うように体を動かせないだけでなく、重度の呼吸障害も抱える彼は、鉄の肺と呼ぶ巨大な呼吸器の中で、一日のほとんどを暮らしている。38歳になった彼は、美しいヘルパーのアマンダに恋をして心身共に愛する女性と一つになりたいという思いを抱くように。旧知のブレンダン神父にも背中を押され、彼はセックスセラピストのもとを訪ねる。