2071年、火星。高速道路でタンクローリーが爆発事故を起こし、タンクから漏れだした物質で500人以上が死傷する大惨事となる。正体不明のバイオ兵器を使用したテロの可能性があることから、火星政府は犯人に史上最高の懸賞金をかけると発表。貧困に喘ぐビバップ号クルーたちが眼の色を変えたのは当然だった……。

現代の40年前の世界。ハテノの森を訪れた少年・ユキナリは、森の中でハンターに追われていたポケモンに出会う。そのポケモンは「セレビィ」といい、時を超える力を持つと言われるポケモンだった。セレビィをハンターから守ろうとしたユキナリは、セレビィの力でセレビィと共に40年後の未来へタイムスリップしてしまう。 現代。旅の途中でハテノの森を訪れたサトシ一行は、セレビィが時を越える際に起こる「森の声」という現象に遭遇。程なくサトシ達は祠の前に倒れているユキナリを発見。ハテノ村の長老トワ達に介抱されたユキナリはセレビィがいないことに気付き、サトシ達と共にセレビィを探しに向かう。傷だらけのセレビィを見つけたサトシ達はトワの下へ戻ろうとするが、そこへセレビィを追っていたロケット団幹部・ビシャスが現れ、セレビィを捕えようと襲い掛かって来た。ユキナリとの連携でビシャスのポケモンを撃退し、何とか逃げおおせたサトシ達は、生き物の傷を癒す不思議な力を持つ湖にたどり着き、そこで一夜を明かす事にする。

銀河系で繰り広げられる近未来の戦争を担うのは、冷酷で従順な戦士となるべく訓練されたソルジャー。しかし時代は変わり、遺伝子操作が生んだ新型戦闘員によって、トッドのようなベテランはもはや時代遅れに。だがトッドがおとなしく処分されると思ったら大間違いだ。火花散るアクションを支えるのが、息を呑む映像世界。動き回る超巨大戦車。地球を追われ、廃棄物に埋もれた惑星で暮らす人々。人間の手に負えないほど発達したテクノロジー。ただのディストピアではない。ここは紛れもない戦場だ。

日本人の父とアメリカ人の母を持つバカルー・バンザイは、天才的な脳神経外科医で物理学者、そしてロックバンドのボーカルでもあるスーパースター。ある時、実験で偶然“８次元”の世界に迷い込んだバカルーは、未知の生命体と接触してしまう。そのことがきっかけとなり、凶暴な異星人が地球を侵略しようとしていることが発覚。残された時間はわずか２４時間。バカルーは科学者やバンド仲間とともに、敵の本拠地へ向かう。

フランス中西部で遺跡を発掘していた調査隊が、14世紀の地層から当時存在しない遠近両用メガネのレンズと、助けを求めるメモを発見する。なんとそれらは行方不明になった調査隊の指導者、ジョンストン教授のものだった。やがて、教授が偶然発明されたタイムマシンの実験に関わっており、その過程で消息不明になったことが判明する。教授の息子であるクリスたちは、SOSに応えるため危険な過去への旅に出発する。