物語は、娘の雪が、母である花の半生を語るかたちで綴られる。 東京のはずれにある国立大学に通う、女子大生の花は、大学の教室でとある男と出会い、恋に落ちる。その男は自分がニホンオオカミの末裔、「おおかみおとこ」であることを告白するが、花はそれを受け入れ2人の子供を産む。産まれた姉「雪」と弟「雨」は狼に変身できる「おおかみこども」であった。しかし雨の出産直後、男は亡くなってしまう。花は2人の「おおかみこども」の育児に追われるが、都会ではたびたび狼に変身してしまう雪と雨を育てるのは難しく、山奥の古民家に移住する。 人の目を気にすることなく山奥で姉弟は育っていく。蛇や猪をも恐れない活発で狼になるのが好きな雪に対し、弟の雨は内向的であったが、やがて雪は小学校に通うようになり、狼にならないように気をつけ、人間として生きていく。一方で雨は小学校に馴染めず、山に入っては狼となって、一匹の狐を「先生」と呼び彼から山で生きる術を学んでいく。
廃墟と化したピザレストランの夜間警備員として働くマイクに忍び寄るのは、不気味なマスコットたちの影…!?
郊外の町で何不自由のない生活を送っていた一家の人生を一変させた悲劇の死。深い悲しみに暮れる彼らの行く手に、新たな愛が希望の光となって差し込んでゆく。
1950年代のロンドン。唯一無二のデザインと職人技術で、英国の高級婦人ファッション界の中心に君臨する仕立て屋のレイノルズ。彼は郊外にある「ハウス・オブ・ウッドコック」で姉のシリルと共に、毎日完璧に仕事をこなしていた。ある日、レイノルズは立ち寄ったレストランで、若きウェイトレス アルマと出会う。会った瞬間に一目惚れをして、彼女を新たなミューズに迎えることになる。アルマの体に触れ、採寸をしていくレイノルズは、とても美しいと彼女の“完璧な身体”を愛した。しかし、若く情熱的なアルマの出現により、完璧で規律的だったレイノルズの日常は思わぬ方向へと進んでいく。