大統領の友人がクルーザーの中で一家皆殺しにされる。CIA情報担当副長官ジャック・ライアンは、被害者が麻薬組織の金の洗濯係だったことを突き止めた。大統領は密かに組織への攻撃を補佐官に命令する。 CIA作戦担当副長官は密かに特殊部隊をコロンビアに送り込む。麻薬王の情報係コルテズはボスの地位を乗っ取るため補佐官に取引を持ちかけ、攻撃の中止を約束させる。 それを知ったライアンは見殺しにされようとしている隊員たちを救うために現地に向かうが、全ては彼のせいだと聞かされているCIA工作員クラークが殺害命令を受けて待ち構えていた。

元々は軍事用ロボットだが、落雷によるショート・サーキット（回路不良）で感情を持ってしまったナンバー・ファイブ。以前は工場から逃げ出す騒動を起こしたが、今や人間たちにもなじんでジョニー5というニックネームで呼ばれる。NYでジョニー5のおもちゃを作って売っているベンはデパートで働くサンディの依頼を受け、おもちゃをひと月で1000体作ることに。そこに本物のジョニー5が現われ、おもちゃ作りを手伝うことに。