新宿の裏通り界隈を根城にするホームレスの中年男性ギン、オカマのハナ、家出娘のミユキはクリスマス・イヴの夜、ゴミ置き場に捨てられた赤ん坊を発見。ギンは赤ん坊を警察に届けようとするが、子どもを育てることが夢だったハナは赤ん坊を勝手に《清子》と命名し、自分たちで親探しをしようと決める。だが、手がかりになりそうなものは赤ん坊と一緒にあったわずかな写真と名刺だけ。翌日、3人は写真の場所を探して歩き回る。

社会派ジャーナリストのミカエルに、大財閥ヴァンゲル・グループの前会長ヘンリックからある調査依頼が来る。40年前、ヘンリックの兄の孫娘ハリエットが失踪した事件の再調査だ。依頼を引き受けたミカエルだが、ヘンリックの依頼でミカエルの身辺調査を行なっていた天才的女性リサーチャー、リスベットをひょんなことから相棒にすることに。ミカエルたちが巨大な真相に近づこうとしたとき、ミカエルはある人物に命を狙われる。

宇宙艦隊士官である父親を幼いころに亡くしたカークは、自由な心を持つ行動的な青年に成長するが、父の遺志を継ごうと宇宙艦隊アカデミーに入学。やがてバルカン星からの緊急救助要請を受け、宇宙艦隊のUSSエンタープライズが出発することになり、カークや親友マッコイらアカデミーの若者たちも乗り込むことに。バルカン星を襲ったのは好戦的なロミュラン人だった。カークはサブリーダーのスポックと対立するようになるが……。

映画「イノセンス」の舞台は、人々が電脳化され、声を出さずとも、コンピューター端末を打たなくとも、ネットワークを通じたデジタルコミュニケーションが可能になる一方、肉体の機械化も進み、人とサイボーグ、ロボットが共存する、2032年の世界。魂が希薄になった時代。決してそう遠くない近未来を舞台に物語の幕が開く。 主人公は、続発するテロ犯罪を取り締まる政府直属の機関・公安9課の刑事バトー。バトーは生きた人形（サイボーグ）である。腕も脚も、その身体のすべてが造り物。残されているのはわずかな脳と、一人の女性、素子（もとこ）の記憶だけ。 ある日、少女型のロボットが暴走を起こし、所有者を惨殺する事件が発生。「人間のために作られたはずのロボットがなぜ、人間を襲ったのか」。さっそくバトーは、相棒のトグサと共に捜査に向かう。電脳ネットワークを駆使して、自分の「脳」を攻撃する“謎のハッカー”の妨害に苦しみながら、バトーは事件の真相に近づいていく。

すべてが朱に染まる夕暮れ、篠原重工の天才プログラマー・帆場暎一が、バビロンプロジェクトの要となるレイバー用海上プラットホーム「方舟」から投身自殺する。その口元に嘲りの笑みを浮かべながら…。これが、すべての始まりであった。 時期を同じくして、レイバーが突如暴走する事件が多発。遂には自衛隊の試作レイバーまでが無人で暴走事件を起こす。 特車二課第1小隊は、近々正式配備される新型パトレイバー（通称「零式」）に関する研修中のため不在。単独で暴走事件の処理に追われる第2小隊の篠原遊馬巡査は、多発する暴走事件の異常性にいち早く気付いて独自に調査を始め、原因が暴走した機体すべてに搭載されていた篠原重工製の最新レイバー用OS「HOS」(Hyper Operating System)ではないかと推測する。また、同様の疑念を抱いていた第2小隊長・後藤喜一警部補は、「HOS」の主任開発者だった帆場の捜査を、本庁の松井刑事に依頼していた。 遊馬の調査の結果、「HOS」が意図的に引き起こす暴走が事件の原因で、暴走の引き金が強風によって建造物から発せられる低周波音であることが明らかとなるが、知らせを受けた警視庁上層部や政府は、有力企業である篠原重工との関係やHOSを認可した国の責任問題の隠蔽を重視し、旧OSに戻すこと（公式には「HOS」のバージョンアップと称される）で政治的決着を図ろうとする。 そしてすべての謎が解明された時、大規模な暴走の引き金となる強風=台風の接近と、その台風により大音量の低周波音を発する東京湾上の浮遊建造物「方舟」を解体するため、第2小隊は「方舟」に向けて緊急出動する。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

日本が津軽海峡を挟んで分割占領された戦後世界。 1996年、北海道は「ユニオン」に占領され、「蝦夷」と名前を変えていた。「ユニオンの塔」と呼ばれる塔を建設し、その存在はアメリカとユニオンの間に軍事的緊張をもたらしていた。青森に住む中学３年生の藤沢浩紀と白川拓也は、飛行機を自力で組立て、そこまで飛ぶことを夢見ていた。また２人は同級生の沢渡佐由理に恋心を抱いており、いつの日にか自分たちの飛行機で、佐由理を塔まで連れて行くことを約束する。しかし、佐由理は何の連絡も無いまま姿を消し、浩紀は東京、拓也は地元の高校へ進学し、彼女が消えた喪失感を埋め合わせるように日々を送る生活が続いた。

まる子が暮らしている静岡県清水に、世界5か国の子供たちが訪れる。言葉も違えば、考え方も違う個性的な彼らに、まる子をはじめとするクラスメートは興味津々。その後イタリア人少年のホームステイ先がまる子の家に決まり、家族は大慌て。さらにまる子は、少年からのある一言に驚いてしまう。そして、彼らとまる子たちは、大阪・京都旅行に出ることに。生まれて初めて訪れる町の風景に胸をときめかせる一行だったが……。

祖母の駄菓子屋を継ぐため、京都に引っ越してきた美大生・本天沼久美。だが、空き家だったはずの駄菓子屋には、ハラミ・Ｋ・舞の三人の少女と犬一匹が住み着いていた！　なんと、ハラミたちは魔王を追って、剣と魔法の世界からこちらの世界へ転生してきた勇者達だったのだ！　しかし、転生の影響で力を失った彼女たちは普通の人となり、しかもリーダーの姫騎士アーネリアは犬の姿に変わり果てていた・・・。身寄りも常識もない彼女たちを追いだすこともできず、久美はおかしな仲間たちと同居をすることに。元の世界での使命感からも開放され、平和な世界にも馴染みはじめ、それぞれが自由気ままに暮らしていたある日。力を失い、小学生となった、元魔王・らんが彼女たちの前に現れ、こう告げた。「私と一緒に、魔王の欠片を集めてもらえませんか？」