ウッディたちは、ボニーの祖母の家へ向かう車のトランクの中でホラー映画を見ていました。しかし途中で車がパンクし、ボニーたちはモーテルに一泊することに。ボニーとママが寝静まった後、ミスター・ポテトヘッドが出かけていき、トリクシーとプリックルパンツも後を追います。みんなを連れ戻そうとウッディやバズ、ジェシーも鞄の外に出ますが…。

物語の舞台は1958年のアメリカ合衆国。大学を卒業したばかりのノーヴィル・バーンズは、ニューヨークに出て職探しに励む。経験の無さからなかなか仕事が見つからなかったが、ようやくハッドサッカー社の郵便室に職を得た。一方、ハッドサッカー社の社長ウェアリング・ハッドサッカーは、何を思ったのか会議中に重役室の窓から身投げをしてしまう。取締役シドニー・J・マスバーガーはこれを好機と見て会社の買収に動き出す。会社の株価を下げるため間抜けを社長に据える必要の出たマスバーガー。そんな彼が新社長に選んだのは、青二才のノーヴィルだった。

幼い息子を事故で失ったコーベット夫婦。思い出を大切にしつつ前へ進もうとするハウイーと、亡き息子の幻影に心を乱されるベッカ。同じ傷みを共有しつつ、その関係は少しずつ綻びをみせて……。ニコール・キッドマンらの熱演が光る、感動の人間ドラマ。

前作で息絶えたチャッキーだったが、アンディとグッドガイ人形の事件が全国で取り上げられグッドガイ人形の製造元は人気が低迷した。チャッキーを復元して人形に異常はないということを証明しようとしていたのだが、人形にはまだ凶悪殺人鬼の魂が残っていた。元に戻ったチャッキーは再び魂を取るためアンディを探しにいくのであった。

恐怖の殺りく人形チャッキーには、父親譲りの強烈な殺意を秘めた息子がいた。チャッキーの妻は狂気の計画を進め、人形親子の血塗られた殺人ショーが幕を開ける。