ユダヤ人の大量虐殺が行われていた第二次世界大戦中の1941年。ベラルーシに住むユダヤ人の３兄弟、トゥヴィア、ズシュ、アザエル（は子どものころからの遊び場だった森に逃げ込む。だが、彼らの思惑とは裏腹に、逃げ惑うユダヤ人たちが次々と森に集まり始める。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。

21世紀、バイオテクノロジーとロボット産業の急速な発展により人類の寿命は飛躍的に延び、日本は世界の市場を独占し大きくリードした。しかし、同時に様々な危険性も浮かび上がったため、国際連合はこれらの技術に対して厳格な規制をかけようと動き出す。しかし日本はそれに従うことなく、2067年にハイテク技術を駆使し鎖国状態に突入。外国人は日本に入国できなくなり、その情勢を外から窺い知ることはできなくなった。

5日間のサバイバル・ゲームで勝ち抜くと賞金10万ドルというTV番組の撮影で、“アポカリプス(=黙示録)”と称する森の中に選ばれた若者たち6人が集合する。キンバリーもそれに参加するため森へ向けて車を走らせていたその時、突然何者かが飛び出してきたため、ブレーキをかける間もなく轢いてしまった。キンバリーは生存を確かめるため、倒れた男に恐る恐る顔を近づけると、その男に一瞬にして噛み付かれ、さらには森の中から出てきたもう一人に、斧でカラダを縦に真っ二つに切り裂かれた。そう、この森は人喰い一家の棲む森だった。ゲームの参加者達は、何も知らないままその森へと入っていく。

西暦2000年、全米は恒例の大陸横断レースに湧いていたが、それは走行中に人間を殺していく事でポイントを稼ぐ死のレースだった。

森の奥の遠隔の小屋で、非常に伝染性の人食いウイルスは、休暇中の5人の友人を、お互いを排除しようとする妄想と敵対的な生き物に変えます。

連続殺人事件の捜査中に公私共にパートナーであった妻を殺害され、休職していた刑事のダビットは、若い女性の変死体が発見されたことがきっかけで現場に戻ることになる。犯人の手がかりを得るために遺体の網膜スキャン試みるが、彼女の眼からは何故か記憶が消去されていた。

2017年、第二次南北戦争下のアメリカ。多くの都市で戒厳令が発令され、アメリカの自国通貨であるアメリカドルよりもカナダドルの方が価値と信用度が高くなるまでに荒廃する中、戒厳令が発令されていない最後の自由都市「スティールハーバー」でクラブを経営するバーブ・ワイヤーは、賞金稼ぎという裏の顔を持っていた。ある日、政府に追われる元恋人アクセルがバーブへ助けを求めてくる。