Under Anden Verdenskrig udpeger den britiske hær en gruppe kompetente soldater til at udføre en mission mod de nazistiske styrker bag fjendens linjer. En sand historie om en hemmelig britisk organisation fra Anden Verdenskrig; Special Operations Executive. Grundlagt af Winston Churchill, var deres irregulære krigsførelse mod tyskerne med til at ændre krigens gang og affødte moderne hemmelige operationer.

Filmen 'Alarm i Østersøen' (også kendt som 'Sorte Shara') bygger på en virkelig begivenhed fra den skæbnesvangre 29. august 1943, da tyskerne afvæbnede den danske hær og flåde. Minefartøjet MS 1 spiller hovedrollen i filmen om skibet, der ikke ville overgive sig. Chefen, kaptajn U.H. Gad, camouflerede båden som bugserbåd under navnet "Sorte Shara". Med Sverige som mål stod båden til søs og oplevede timer fulde af spænding, når den nærmede sig de tyske observationsposter.