Historien om 27-årige Taeko, der tager på en lille ferie på landet hos en bekendt familie. Her tager hun sit liv op til revision (bl.a. gennem minder fra barndommen), og hun bliver i sidste ende klogere på sig selv som person.

Ages fortid, skoven blev vækket og Månen udløst en hundesulten bæst på Jorden. Mennesket krøb i frygt ... Det har været 300 år siden menneskehedens forstyrrelser af miljø forlod Jorden i ruiner. Nu er resterne af menneskeheden delt som aldrig før. Den smuldrende rester af store byer står i svag sameksistens med den indtrængende skov, og mennesker lever på begge sider af denne brygning konflikt. Unge Agito, søn af en aldrende helt, uforvarende sætter gang i en række katastrofale begivenheder, når han vandrer ind i en forbudt zone af skoven. Han snubler over en kryogen stasis rør indeholdende Toola, en pige, der har en afgørende opgave betroet hende fra fortiden ... Det er en usikker fred i en unaturlig tid. Kun ved at søge deres sjæle og undersøge fortiden, vil Agito og Toola forstå oprindelsen af alle ting og forene menneskeheden med skoven.

I Karakura Town, uidentificerbare ånder begynder vist en Mases. Mens du forsøger at beskæftige sig med disse mærkelige sjæle, Ichigo Kurosaki og Rukia Kuchiki mødes Senna, en mystisk shinigami der udsletter de fleste af dem. Senna nægter at besvare eventuelle spørgsmål, så Ichigo er tvunget til at følge hende mens Rukia forsøger at finde ud af, hvad der foregår.

Et zombie-angreb forårsager kaos i Harvardville Airport. Leon S. Kennedy og Claire Redfield, der bekæmpede den frygtindgydende Umbrella Corporation under tragedien i Raccoon City 7 år tidligere, er tilbage. I hæsblæsende, ægte Resident Evil-stil er de klar til at kæmpe mod en hævntørstig kriger, hvis familie blev dræbt i Raccoon City. Den dødelige G-virus slippes løs, og et nyt muteret monster kommer på krigsstien. Vil det lykkes Claire og Leon at destruere virussen, før historien gentager sig selv?