ゲームの世界に入り込める画期的な体感シミュレーションゲームの発表会が催され、有力者の子息らに交じってコナンたちもプレーに参加することに。だが、彼らを待っていたのは、自殺した天才少年プログラマーのヒロキが作り上げた人工知能からの挑戦状だった。ゲームをひとりもクリアできなければ、全員が二度と目覚めることはないというのだ。コナンは19世紀のベイカー街を再現した世界で、切り裂きジャックに立ち向かう……。
警察官が連続して殺される事件が発生した。凶悪テロ、あるいは過激派の犯行なのか？ 殺された2人はいずれも警察手帳をにぎりしめていた。コナンは小五郎とともに事件について聞き出そうとするが、白鳥刑事が放った一言は“Need not to know（知る必要のないこと）”。これは警察内部で使われる用語で、事件が警察内部に関わることを意味する。警視庁からの情報がない中、ついには蘭の命までもが狙われる！
高名な建築家の森谷から、高校生探偵・工藤新一宛てにパーティーの招待状が届く。コナンは新一の声で蘭に代理出席を依頼、自分はコナンの姿で付き添うことになった。パーティーの数日後、爆弾のもとになる特殊火薬が盗み出され、連続放火事件が発生。さらには犯人らしき人物から、新一に挑戦するような爆破予告がなされる。見えない犯人を相手に、隠された爆弾を次々と発見していくコナンは、やがて事件の共通点に気付き……。
東京から長野まで、1都3県で6人が殺される事件が発生。いずれの現場にも、印の刻まれた麻雀牌が残されていたことから警察は広域連続殺人事件とみて捜査を始める。探偵・毛利小五郎も出席する捜査会議についてきたコナンは、捜査会議の後、黒ずくめの組織の車を目撃する。一連の事件と黒ずくめの組織との関連は？ コナンは謎の組織を相手に危険な事件に立ち向かうことになる。
コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高いツインタワービルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。そしてビル内で起きる第一の殺人。そんな中、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A、コナン＝工藤新一に毒を飲ませた男、ジンの愛車だ。“黒ずくめの組織”がここに？ さらに灰原哀がひそかに何者かとコンタクトを取りはじめ……。
怪盗キッドから警視庁に犯行予告が届く。彼が狙うのは鈴木財閥の会長宅から見つかったロマノフ王朝の秘宝“インペリアル・イースター・エッグ”の新たな1個だった。鈴木会長から保護依頼を受けた探偵・毛利小五郎に同行し、コナンと蘭も会長宅のある大阪へと向かう。厳重な警備が敷かれる中、キッドは警察の裏をかく大胆な手口でエッグを盗み出すことに成功するが、ハンググライダーで逃走中に何者かに撃たれ、墜落してしまう。
目暮警部がボウガンで何者かに撃たれる事件が起こった。そして、蘭の母・妃英理、阿笠博士も相次いで命を狙われる。犯行現場に残されたトランプの意味するものは？捜査が続けられる一方、それをあざ笑うようにターゲットを襲う犯人の魔の手、増える被害者の数、あせるコナン…。手がかりをおっていくうちに海中レストランへ辿りついたコナンたち。そこには他にも招待客が来ていた。彼らに共通するものは？犯人はこの中にいるのか？
謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。
東京・大阪・京都で5人の男が殺害された。5人は仏像・美術品の窃盗を繰り返してきた「盗賊団・源氏蛍」の一員と判明。 警視庁、大阪府警、京都府警による合同捜査が始まる。同じ頃、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナン達と共に京都を訪れていた。犯人は「源氏蛍」に恨みを持つ者か？あるいは仲間割れによる犯行か？また、小五郎への依頼との関連は？東西の名探偵・コナンと平次が、力を合わせて事件の解明に挑む！
怪盗キッドとの対決に執念を燃やす大富豪・鈴木次郎吉が挑戦状を叩きつけた。世界最大の飛行船ベルツリー号に収めた宝石“天空の貴婦人”を盗んでみよというのだ。制限時間は東京から大阪到着までの6時間。小五郎と蘭、コナンらも飛行船に招待されて乗り込んだ。大空を舞台に名探偵と怪盗の頭脳戦が始まったその時、テロ組織“赤いシャムネコ”が船を襲う。果たしてハイジャックの目的は？ キッドとコナンの対決の行方は！？
高名な元ピアニスト堂本一輝が率いる音楽アカデミーの出身者ばかりを狙った連続殺人が発生。そんな中コナンたちは彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれた。コンサートの目玉は、バッハが弾いたとされるパイプオルガンとバイオリン“ストラディヴァリウス”の音色、そして、絶対音感を持つ天才歌手・秋庭怜子の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、数々の不審な事件が起こり始める……。
舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。
朝倉都知事に謎の脅迫状が届き、翌日、開通したばかりの都営地下鉄のトンネルが爆破された。コナンの活躍でけが人こそ出なかったが、彼は事件の裏に都知事が大臣時代に建設した新潟県のダムが絡んでいるのではと推理し、恨みを持つ者がいないか捜査を開始する。ダムを造るため移設された北ノ沢村を訪れたコナンたち。だが彼らを待っていたのは、8年間眠り続けている“少年”冬馬と、雪原の真ん中で見つかった男の死体だった。
東京の街を一望できるベルツリータワーのオープニングセレモニーで絶景を楽しむコナンたちの目の前で男が狙撃される。コナンは女子高校生探偵の世良真純とともに犯人を追うが、惜しくも逃げられてしまった。超長距離からの狙撃という前代未聞の事態に、ある事件との関連を疑う米FBIと日本の警察との合同捜査が開始される。やがて、捜査線上に米海軍特殊部隊シールズに所属していた狙撃手が浮かび上がり……。
宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。
15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。
日本の競技かるた界を牽引する皐月会主催の大会“皐月杯”の会見に招待された小五郎とともに、大阪にやって来たコナンたち。だが、会見会場のテレビ局で爆破事件が発生、コナンは崩壊するビルの中に取り残された西の名探偵・服部平次と幼なじみの和葉を辛うじて救出する。コナンと平次が、目的不明で犯行声明もないこの事件に疑問を抱く一方、彼らの前に平次の婚約者だという競技かるたの高校生チャンピオン、紅葉が現われて……。
19世紀末に海賊船と共にシンガポール近海に沈んだとされる、世界最大のブルーサファイア“紺青の拳”。現地の富豪が回収を目論み、表舞台にその姿を現した時、マリーナベイ・サンズにて殺人事件が発生。現場には、怪盗キッドの血塗られた予告状が残されていた──。一方、シンガポールで開催される空手トーナメントを観戦する為、蘭と園子は現地を訪れていた。パスポートを持っていないので海外渡航できないコナンは留守番のはずだったが、彼を利用しようとするキッドの奇術的な方法により、強制的にシンガポールへ連れてこられてしまう。
東京サミットの会場を予定していたリゾート施設"エッジ・オブ・オーシャン"で大規模な爆発があった。現場を警備していた警察官が死傷したというニュースの中に、コナンは安室透の姿を見つける。一方、警視庁の捜査会議では現場の遺留品に小五郎の指紋があったことから、小五郎が容疑者として逮捕されてしまう。公安の捏造を疑うコナンは安室に問い詰めるが、安室の態度は冷たいもので……。安室透は敵なのか？ そして事件の真実とは？
焼失したはずの名画「ひまわり」がニューヨークのオークションに出品され、鈴木財閥が落札。そこへその名画を狙って怪盗キッドが出現。後日、「ひまわり」を乗せたジェット機が日本へ向かう空で突如爆発。名画はキッドに奪われてしまう。コナンによって「ひまわり」は奪還したものの、キッドは逃走。コナンはキッドらしくない手口に違和感を覚える。そんな中、7枚すべての「ひまわり」を集めた展覧会が開催されることになり……。