対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、武器密売組織の拠点に突入し探索中に国際指名手配犯グレン・アリアスと対峙するが逃してしまう。一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、大学で死者が甦り、凶暴化する事件の調査、研究する中、新型ウィルスの関与を突き止め、治療薬開発に成功するが直後、研究所が何者かに襲撃される。クリスは協力を求めて新型ウィルス事件に詳しい大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・Ｓ・ケネディのもとへ向かい、再会した二人は、アリアスのバイオテロ阻止のためニューヨークへと向かう。

ゲームセンターを経営している元コンピュータ技師（ジェフ・ブリッジス）は、自分を首にした会社社長（デイヴィッド・ワーナー）の不正を暴くべく会社に潜入するが、そこで罠にかかってコンピュータ世界の中に閉じこめられてしまう。やがて彼は全プログラムが支配する兵士たちに追われながらも、不正の捜査を続けるプログラムと協力しあい、敵の陰謀を打ち砕いていく…。

宇宙船修理ガレージで働く少年・ラチェットは、若くてそそっかしいが腕利きのメカニック。彼の夢は銀河のヒーローであるガラクチック・レンジャーに入ることだ。そんなある日ラチェットは、墜落した宇宙船で1体のロボットと出会い、2人の大冒険が始まる。