それは人類の誰も気づかぬうちに始まった。最新を誇る遺伝子実験の失敗によってゴリラ、オオカミ、ワニなどが猛烈に巨大化、凶暴化してしまう。この巨獣たちは、破壊活動を続けながら北米大陸を横断し、高層ビルが林立する街で大乱闘を繰り広げる。人々が逃げ惑う中、軍隊が出動し銃やミサイルで攻撃するが巨獣たちの暴走を抑えることはできなかった。

前作で描かれた人類とKAIJUの死闘から数年が経過し、平穏が戻っていた地球。しかし進化を遂げたKAIJUが再び姿を現した事で、つかの間の平和は脆くも崩れ去る―。さらに、謎の黒いイェーガ―"オブシディアン・フューリー"の出現により、人類を守るはずのイェーガ―同士による激しい戦いも発生。果たして、スタイリッシュに洗礼されパワーアップした新世代のイェーガーに乗り込む若きパイロット達は、迫りくる危機を乗り越える事は出来るのか。

中東で米海軍ヘリコプターがゲリラの高速艇に攻撃され緊急出動した“ネイビー・シールズ”。そこで驚異的破壊力を持つ米国製のミサイルが発見された。彼らは、卑劣なテロリストの手からミサイルを奪還すべく決死の作戦を敢行する！

研究所で科学者達が姿を消す不可解な事件が発生し、特殊部隊は極秘に調査を開始。研究所で部隊を待っていたのは、地球に存在するはずのない未知の生物だった。