地球を飛び立った宇宙船は１年余りの宇宙航行の末、とある惑星に不時着した。乗組員のテイラーたちは沈没してしまった宇宙船をあとにし、その陸地を彷徨い歩くと猿人たちが人間狩りをしている驚愕の光景を目にする。この星では高等動物の猿が、口の聞けない下等動物の人間を支配していたのだ。テイラーたちも捕まり、奴隷のように理不尽な扱いを受ける。しかし、テイラーはチンパンジーのジーラ博士とコーネリアス博士の理解と協力を得て、同じ人間の女性ノヴァと共に逃亡、新天地を探し求めていく。

宇宙世紀0079、一年戦争の末期、地球連邦軍とジオン公国軍の戦いで、ジオン軍の攻撃を受けたサイド4のムーアが壊滅した。生き残ったムーアの市民で構成された地球連邦軍所属のムーア同胞団が、故郷サンダーボルト宙域の奪還を決意する一方で、ジオン軍はそれに対抗してリビング・デッド師団を展開する。ムーア同胞団のエースパイロットのイオ・フレミングと、リビング・デッド師団のエーススナイパーであるダリル・ローレンツは宿命の戦いに挑む。

　「暁の蜂起」のあと、地球に向かったシャアは、不思議な力を持つ少女、ララァ・スンと出会う。 　一方、RX-78開発計画を推進するアムロの父テム・レイは、ジオンのモビルスーツ開発の重要人物、ミノフスキー博士亡命の報を得て、月へ向かう。 　その月面のトワイライトゾーンで繰り広げられる人類史上初のモビルスーツの死闘。 　そして、時に宇宙世紀0079年——。 　地球から最も遠い宇宙都市サイド３はジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑んできた。 　人類が総人口の半分を死に至らしめた、動乱の時代が始まろうとしていた——。

原潜USSモンタナは深海で何かに当たって座礁し、連絡が途絶える。海軍大尉コフィは捜索のため、海底油田基地ディープコアに、同基地の設計者であるリンジーとともに乗り込む。基地ではリンジーの夫バッドも働いていたが、夫妻の仲は冷え切っていた。見つかった原潜に生存者はいないが、リンジーはそこで奇妙な生命体を目撃。やがて嵐のせいで海上の基地とディープコアを結ぶケーブルが切れ、同基地の面々の生命に危機が迫る。

医師のトミーは、脳腫瘍に冒された妻イジーを救うため、新たな治療法を発見しようと必死の研究を続けていた。だが仕事に没頭するあまり、彼は残された時を2人で過ごしたいというイジーの願いに気づけずにいた。イジーはそんな彼に本心を知って欲しいと、16世紀スペインの女王イザベルの命により、不死の秘薬を求める騎士トマスの物語を綴り始める。イジーは空白の最終章を完成させて欲しいと、その物語をトミーに託す。

事故に遭い、未知の惑星に不時着した宇宙船。三つの太陽に照らされた灼熱の星で、護送中の凶悪犯も含む生存者たちは過酷なサバイバルを強いられることになる。探索の後、一行はかつてこの星で生活していた調査隊の施設にたどり着くが、同時に地下や暗がりに潜む凶悪な肉食エイリアンの存在も知る。そして22年ぶりの皆既日食によって、この星は完全な夜を迎えようとしていた。

西暦3028年。地球は破壊され、人類は故郷を失った。それから15年、宇宙孤児のケールは地球再生の鍵を握る伝説の宇宙船「タイタン号」の存在を知る。それは、亡き父が息子に託した、人類最後の希望だった…。

暗闇でもものを見ることができる能力を持ち、恐るべきエイリアンの襲撃を生き延びたリディック。あれから5年、彼は5つの惑星から指名手配されその首には法外な懸賞金がかかっていた。賞金稼ぎの手を逃れて、銀河系のはずれで逃亡の日々を送る彼は、やがてヘリオン第1惑星へとやって来た。

ダニーは兄のウォルターにかまってほしいためにボールを投げてふざけていると手もとが狂いボールがウォルターの顔に当たってしまう。怒ったウォルターはダニーを地下室に閉じ込めてしまうが、ダニーはそこで「ザスーラ」というボード・ゲームを見つける。

火星ロケットを設計する技師が、妻をピストルで撃ってしまい、ロケットで火星へ逃げる。そこでは火星の女王アエリータが大臣と権力闘争を繰り広げていた。ロケットで同行した赤軍兵士は、火星の奴隷たちを煽動し蜂起させる……。

宇宙飛行士スペンサーとアレックスは、シャトルの船外作業中の事故から奇跡的に生還する。だが地球に戻った矢先、アレックスが変死、妻ナタリーも自殺する事件が起こった。スペンサーの妻ジリアンは、元NASA局員と名乗る調査員シャーマンと接触、宇宙で連絡の途絶えた空白の2分に不審な点があること、そしてナタリーが双子を妊娠していたことを知り戦慄する。彼女もまた、夫の帰還後に双子を身ごもっていたのだ。