Kampen om tid og rum begynder igen...! Den legendariske Arceus. For lang tid siden tildelte Arceus lidt af sin mægtige kraft i form af Livets juvel for at hjælpe byen Michina i nødens stund – men blev forrådt, da denne kraft skulle leveres tilbage til sin ejermand. Nu vil Arceus vende tilbage for at generobre den stjålne kraft – hævngerrig og tilsyneladende ustoppelig. Ikke engang de forenede kræfter fra Dialga, Palkia og Giratina kan stoppe Arceus i at ødelægge på tværs af adskillige dimensioner. Men Ash og hans allierede kan have opdaget en måde at få gjort op med dette ældgamle forræderi. Vil der være tid til at returnere Livets Juvel, før Arceus udrydder alt og alle, de nogensinde har kendt til?

Dette er historien om, hvordan Ash og Pikachu først mødtes. I første omgang var Pikachu ulydig overfor Ask, men Ash ønskede kun at være venner med Pikachu. På den dag de stod ud fra Palletbyen, så de begge en Ho-Oh flyvende og de lavede et løfte om at møde det.

I denne direkte-til-video efterfølger til Pokémon: The First Movie, Ash, Misty og Brock fortsætte udforske Johto regionen, så har for at redde Pikachu efter Jessie og James fra Team Rocket ...

Satoshi og hans venner rejser til LaRousse, hvor de møder en dreng ved navn Tooi der er bange for Pokemon på grund af en hændelse, der skete fire år tidligere. I mellemtiden, Deoxys, en Pokémon fra rummet, er opstået, sætte en barriere rundt i byen og kidnapning mennesker. Rayquaza, en Pokémon, der lever i atmosfæren, kommer til at bekæmpe den.

En gruppe videnskabsmænd og lægefagfolk har designet den perfekte hospitalsseng: den har fuldt fungerende robotegenskaber og kan medicinere og fodre patienten og efterfølgende gøre totalt rent. Men den er også udstyret med en selvstændig atomreaktor og tjener i virkeligheden et helt specielt formål.

To almindelige teenagere begiver sig ud på en magisk mission for at redde deres ven og hendes modpart fra en anden verden. Men kærligheden komplicerer tingene.