草薙素子たち公安９課は、難民集団「N」を率いるシマムラタカシと邂逅する進化の特異点迫る廃墟・東京で、ポスト・ヒューマンのレイドが始まる2045年。全ての国家を震撼させる経済災害とAIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争へと突入した。電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”による電脳犯罪を阻止すべく、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安９課は、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安９課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく。

数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。

世界で一番美しい町といわれる水の都「アルトマーレ」。そこでサトシは不思議な技を持つポケモン、ラティアスとラティオスに出会う。ラティオスは兄、ラティアスは妹でとても仲がよく、この町の秘宝「こころのしずく」を守っていた。この秘宝をねらう怪盗姉妹ザンナーとリオン。彼女たちが起こした事件に巻き込まれるサトシとピカチュウたち。隠された封印が解かれた時、町は大水害に見舞われる。奪われた「こころのしずく」を取り返す為、サトシとピカチュウが水の都を駆け抜ける！

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

2046年、関東某県の中学に通う長峰美加子と寺尾昇は同級生。同じ部活で仲の良いふたりだが、中学３年の夏、ミカコは国連軍の選抜メンバーに選ばれたことをノボルに告げる。2047年、冬、ミカコは地球を後にし、ノボルは高校に進学する。 地上と宇宙に離れたミカコとノボルは携帯メールで連絡をとりあうが、リシテア号が木星・エウロパ基地を経由して更に太陽系の深淵に向かうにつれて、メールの電波の往復にかかる時間は開いていく。ノボルはミカコからのメールだけを心待ちにしている自身に苛立ちつつも、日常生活を送っていく。やがてリシテア艦隊はワープを行い、ミカコとノボルの時間のズレは決定的なものへとなっていく……

元々は『機動戦艦ナデシコ』の劇中劇であったが、あまりの人気のためスピンオフして制作されたOVA作品。制作陣の70年代のロボットアニメに対する愛情とオマージュに溢れた一作。なお、ゲストとしてナデシコ本編のキャラクターたちが登場する。 　地球征服を企むキョアック星人の魔の手を退けるため、国分寺博士は超古代縄文人が遺した設計図を基に、熱血ロボ・ゲキガンガー3を建造。3人の若者を操縦者に任命し、キョアック星人との熾烈な戦いを続けていた。そんなある日、宇宙から超古代縄文人が来襲。その恐るべき戦力の前に、ゲキガンガーとキャック星人のアカラ王子は共闘を余儀なくされる。

自分に自信の持てない女子高生カスミは、ある日、不思議な声に導かれて異世界バベル大陸へと召喚される。そこは、伝説の存在・暗黒竜デストルークにより、錬金術も魔法も封じられ、“闇の魔人”が跋扈する世界だった。カスミは、彼女を召喚した魔法使いのリズ、そしてガンナーのエドガーと出会う。リズは「闇を封じる幻影兵」を召喚したつもりだったが、カスミはそのような力を持っていなかった。あてがはずれたことに落胆するリズとエドガーだが、カスミを放っていくこともできず、一緒にレジスタンスの村へと向かった。そこでカスミは熱を出して倒れてしまう。カスミはバベル大陸でもまったく無力のままだった。 魔の手は瞬く間に拡がり村を襲撃する“闇の魔人”たち。そこには闇に堕ちた幻影兵と化したザイン、セツナ、メラニクス姉弟の姿もあった。彼らはデストルークに召喚され、村を襲撃してきたのだった。絶望を目前にしたカスミの脳裏に、意外なビジョンがふと浮かび上がる。それは、カスミの中に眠る彼女の“本当の強さ”が目覚めようとしている兆しだった―