Japón, mediados del siglo XIX. Seibei Iguchi es un samurái de bajo rango que trabaja como burócrata. Viudo, vive con sus dos hijas, a las que adora, y con una madre ya senil, por lo que se ve obligado a hacer otros trabajos para poder sacarlas adelante. Una nueva oportunidad se presenta en su vida cuando se entera de que Tomoe, su amor de siempre, se ha divorciado de su cruel marido. Sin embargo, el rígido código de honor de los samuráis lo atará de pies y manos.

Dos asesinos a sueldo coinciden por circustancias de la vida en el orfanato donde crecieron en una isla al sur de Japón. El contacto con los niños del orfanato les hace tomar la iniciativa de ejercer sus profesiones invirtiendo sus ganancias en vacunas para los niños pobres y necesitados del tercer mundo. En uno de sus "trabajos" liquidan a un "superdotado", lo que lleva a la viuda del difunto a contratar a tres asesinos que sólo se comunican mediante mensajes de móvil a dar caza y captura al dúo protagonista...

Japón, siglo XIX. En el templo Nishi-Honganji, la milicia Shinsengumi está seleccionando nuevos reclutas para convertirlos en guerreros samurais. El comandante Isami Kondo y el teniente Toshizo Hijikata son los encargados de supervisar el proceso de adiestramiento que exige que cada aspirante se enfrenté a Soji Okita, el mejor hombre de la milicia.

Kiyoha, una niña que es vendida a un distrito de geishas y que, aunque al principio odia ese mundo, termina afrontando su destino y luchar para llegar a convertirse en una oirán, una cortesana de alto rango.

Hanzo es un detective de Edo con muy mal carácter que vive para impartir justicia. El más duro samurai del Japón y sus dos ayudantes, criminales rehabilitados a su servicio, no se paran ante nada ni nadie. Su técnica es única; llegando a partir pedruscos con la mano o ser maestro en varias armas, domina el interrogatorio como nadie, donde no duda en torturar a quien no le dé información. Hanzo se reune con sus compañeros policías ante sus jefes para prestar el juramento anual de su cargo como detective. Ningún año se ha presentado. Siempre da una excusa pero esta vez decide explicarse, la corrupción que ve no le permite estampar su firma. La ley sólo protege a los comerciantes y samurais; no trata a todos por igual, la gente humilde no tiene protección, pero Hanzo va a cambiar eso. Para él todos son iguales para la justicia.

La acción transcurre en Tokyo. Un policía, Eddie Kenner, se infiltra en el seno de una banda brutal de ex-compañeros de armas, dirigido por Sandy Dawson, con el fin de aclarar el asesinato de una persona durante el atraco a un tren de municiones. Sandy salva la vida del policía y hace de él su mano derecha, pero no tardará en descubrir su doble juego.