2003年4月25日、金曜日。アーロン青年はロッククライミングを楽しむため、ブルー・ジョン・キャニオンに向けて車を走らせる。翌日、車から降ろしたマウンテンバイクにまたがった彼は、目的のポイントに出発。軽快にロッククライミングをしていた次の瞬間、アーロンは谷底に落ちてしまう。同時に落ちた岩のひとつは無残にも彼の右腕にのしかかり、一歩も動けなくなるアーロン。それから127時間、誰も救助に現われなかった。

ゴジラシリーズ第5作。異常気象に見舞われる日本。そんな中、金星人を名乗る女性が地球の危機を予言すると、阿蘇火口からラドンが、太平洋からゴジラが姿を現す。更には、黒部谷に落下した大隕石から金星を滅亡させた宇宙最強の怪獣キングギドラが出現し、日本各地を荒らしまわる。未曾有の地球の危機に、小美人よりインファント島から招聘されたモスラは、ゴジラとラドンに共闘を求めた。ここに地球三大怪獣対宇宙超怪獣の地上最大の決戦が始まる！

傭兵のロイスは突如閃光に包まれ、気がつくとどこかの上空を落下していた。なんとかパラシュートを開き、着陸するがそこは得体の知れないジャングル。その後、すぐに同じように落下してきたエドウィン；クッチーロ；イサベル；ニコライ；ハンゾー；スタンズ；モンバサと合流し、医師と名乗ったエドウィン以外は、軍人や殺し屋など「殺人」のプロフェッショナルであるという共通点を持っていることが判明する。 8名はジャングルを脱出するため行動を共にし、やがて開けた場所に到着するが、空を見ると幾つかの大きな衛星が浮かんでおり、そこが地球でないことを理解する。さらに謎の狩猟動物の襲撃に遭い、自らが“狩りの獲物”であることに気づく。そしてロイス達は多数の生物が殺され展示されている場所に到達する。そこは謎の狩人の「狩猟キャンプ」であった。そこで奇怪なオブジェクトにくくりつけられたプレデターを発見する。イサベルによるとそれは、かつてアメリカの特殊部隊員を襲った生命体の特徴に酷似しているという。 その後、10シーズンもの間この惑星で生き抜いてきたというノーランドと合流、彼の隠れ家で敵の正体や特徴を知り、地球に帰還するために「彼ら」の宇宙船を奪うことを決意する。

アラスカ州北部の町・ノームでは、これまで多数の住民が行方不明になってきた。2000年10月、心理学者・タイラー博士の元に、不眠症を訴える住民が次々と訪れる。不審に思ったタイラー博士は、催眠療法で彼らが眠れない理由を解明しようとするが…。

麻薬組織でのおとり捜査中に相棒を殺された刑事ケインは、FBI捜査官スミスと組んで捜査に挑む。その頃街では、麻薬を注入された人間が快感ホルモンのエンドルフィンを抜き取られて死ぬ事件が続発していた。そんな中、スミスが麻薬組織に捕まってしまい、ケインは麻薬の運び屋を強要される。仕方なく取引現場に向かったケインだが、大男たちに麻薬を奪われてしまう。後を追ったその先に待ち受けていたのはエイリアンだった。

巨大な河のほとりで、人類は目覚めた。地球に生まれ、死んでいった者全てが、過去の記憶を持ったままその河辺で蘇った。まさに宗教入っちゃいました系な復活だったが…河岸には謎の物質生成機が点々と設置され、そこから生成されたのは弁当とタオル地の服。どうも何者かが怪しい目的で皆を「製造」したらしいのだ。かくて野蛮で猥雑な人類の歴史が、未知の河のほとりで再開された。そんな折、元宇宙飛行士のジェフは「蒸気船を建造して源流まで冒険しよう」という男に出会う。そこには彼らを作った超文明人たちがいるはずなのだ…。

研究所で科学者達が姿を消す不可解な事件が発生し、特殊部隊は極秘に調査を開始。研究所で部隊を待っていたのは、地球に存在するはずのない未知の生物だった。