1969年、ニューヨーク上空に珍しいオーロラが出現した日、消防士フランクは救助を終え、妻ジュリアと6歳の息子ジョンの待つ家へと戻ってきた。親子3人の生活は幸福な輝きで満たされていた。ちょうどその日のオーロラのように。だが、その2日後、フランクは殉職する。息子ジョンは深い哀しみに暮れる。それから30年。再びニューヨークにオーロラが出現した日、ジョンはふと父が愛用していた無線機を見つける。そしてそこから男の声が聞こえてくる……。まるでそれは父と話しているようだった。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

２１世紀末、地球人は宇宙への進出を果たす。やがて激しい星間戦争が勃発し、地球人はドラコ星人と一進一退の攻防戦を繰り広げていた。ある日、ドラコ星人の戦闘機を深追いした地球人パイロットのダビッジは、相手を撃墜しながらも未知の惑星に不時着してしまう。その不時着した惑星の環境は想像を絶する厳しさだった。やがて彼は、同じく不時着したドラコ星人のジェリーと遭遇。敵同士として対立する２人だったが、生き延びるためには協力していくしかない。こうして力を合わせてサバイバル生活を共にするうち、２人の間には友情が芽生えていく。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。

40年代。テスト・パイロットのダニエルは恋人が事故に遭い植物人間となってしまったことに絶望し、友人が開発した冷凍保存装置の実験台となる。そして50年が経ち、完全に忘れさられていた装置に、一人の少年が触れたことでダニエルは蘇ってしまう。彼は少年の家に、厄介になることに。そこへ、死んだはずの恋人が生きているという噂。彼と少年、そしてその母は、懸命に彼女の行方を探し求める…。

人名すら番号で管理されている25世紀。人々は広大な地下都市内で支給される精神安定剤を服用しながら、感情も娯楽も規制された単調な日常を送らされていた。そんなある日、女性ルームメイトのLUH-3417と恋に落ちた主人公のTHX-1138は精神安定剤の服用を止め、タブーとされる肉体関係まで結んだことから、反体制分子として当局に逮捕される。

第二次世界大戦中の1943年、フィラデルフィア港でアメリカ海軍によるある極秘実験が行われようとしていた。“フィラデルフィア計画”と呼ばれるその実験は、敵のレーダーから消え、味方の船を探知されないようにするというものであった。その実行役となった水兵のデビッドとジムが実験機械のスイッチを入れた途端、実験の舞台である駆逐艦エルドリッジはレーダーのみならず、実際に海上からも姿を消してしまった。艦はしばらくして再び出現したが、艦内では乗組員が大火傷を負ったり、艦の壁や甲板に身体がめりこんだりしており、デビッドとジムは姿を消してしまっていた。

路線変更を図ったシリーズ番外編。ブギーマンことマイケル・マイヤースも登場せず、ハロウィン・マスクを通じて世界征服を企む邪教集団を描いたスリラー。

覆面監督による作品として話題を呼んだ、異色SF大作。宇宙を行く緊急救助船が、任務遂行中に致命的な事故に遭う。