Colin Sullivan werkt voor de grote en beruchte gangster Frank Costello en krijgt de taak te infiltreren in het politiekorps van Boston. Tegelijkertijd werkt undercover-agent Billy Costigan zich op in de wereld van Costello en probeert diens vertrouwen te winnen.
Het is de heetste tijd van het jaar in Bedford-Stuyvesant, Brooklyn. In deze voornamelijk zwarte wijk, runt Sal, een Italiaanse immigrant, met zijn zonen Pino en Vito al jaren een succesvolle pizzeria. Pino is echter een racist en een herrieschopper.
Mississippi 1964. Drie mensenrechtenactivisten worden op gruwelijke wijze vermoord. Reden genoeg voor onderzoek. Twee FBI agenten, de jonge Ward en de wat oudere, doorgewinterde Anderson, merken al snel dat ze niet welkom zijn in het stadje.
Big Louis Costillo wordt vermoord, en zijn voormalig bodyguard Tony Camonte wordt opgepakt. Aangezien Costillo's lichaam nooit wordt gevonden wordt hij weer vrijgelaten, al verdenken ze Johnny Lovo ervan dat hij Tony betaald heeft om Big Louis uit de weg te ruimen. Tony begint de macht over de stad in handen te nemen, en wordt een grote bedreiging voor Johnny en de andere bazen. Ondertussen kost het Tony's zus grote moeite om onder de overbeschermende greep van haar broer uit te komen.
Riggs en Murtaugh hebben in Lethal Weapon grondig de pest aan elkaar. Maar ze zijn collega's en in hun vak bovenbazen! Gibson is een keiharde, blanke moordmachine... Glover een bezadigd huisvader, die zich voortdurend 'te oud' vindt.
Taxichauffeur Max pikt een man op die hem $600 biedt om hem rond te rijden. Het idee makkelijk geld te verdienen verzuurt als Max beseft dat de man een huurmoordenaar is.
Het verhaal volgt een groep mensen van verschillende komaf in de straten van Los Angeles, terwijl hun levens elkaar kruisen. De rode draad is een moordzaak, en de detective die belast is met het onderzoek.
Detective Frank Bullitt wordt door de politicus Chalmers uitgekozen om een Maffia-getuige te beschermen. Deze wordt echter neergeschoten door twee huurmoordenaars die precies lijken te weten waar hij zich verstopt had.
De politiemannen Martin Riggs en Roger Murtaugh zijn terug. Deze keer komen ze in aanraking met een Afrikaanse diplomaat die gebruik maakt van zijn diplomatieke onschendbaarheid om zijn criminele activiteiten ongestraft te kunnen uitvoeren.
Een futloze pompbediende raakt betrokken bij een gevecht met een klant en komt zo terecht in de onderwereld. Een vroegere vriend probeert hem te helpen, maar als dat niet mag baten, moeten ze een eigen methode zoeken om het vege lijf te redden.
Martin Riggs komt eindelijk de vrouw van zijn leven tegen; de mooie en ruige Lorna Cole, die ook bij de politie zit. Samen met haar en zijn trouwe partner Murtaugh gaan ze op zoek naar een corrupte politieman die met een wapensmokkel bezig is. Als Murtaugh’s familie dan ook nog wordt bedreigd wordt het pas echt serieus.
April wil van haar vakantie genieten maar gaat eerst nog even met cadeau's langs bij Splinter, de rat, en de vier schildpadden. Tussen haar cadeaus zit ook een scepter met een eigenaardige inscriptie. Als ze deze voorleest verdwijnt ze naar het Japan anno 1303 en verschijnt er een prins uit die tijd in haar plaats bij de Turtles.
De freewheelende, motorrijdende muzikant Johnny rolt met zijn band een klein stadje binnen en ontmoet Kathy, een erestudent die zijn aandacht trekt. Ondertussen wordt Kathy's vader, nadat hij in het Witness Protection Program heeft gezeten, eindelijk opgespoord door twee corrupte agenten aan wie hij jaren geleden ontsnapte, die het geld willen dat hij hen schuldig is.
Een politieagent leert met zijn penis praten (die ook met de penissen van andere mannen kan praten) en zijn penis helpt hem bij het onderzoeken van een verkrachtingszaak.