Vele eeuwen na de Zestig-Minutenoorlog is de aarde onvruchtbaar en zijn er geen natuurlijke brandstoffen meer. De steden zijn zelfstandige stadstaten geworden en zwerven rond op zoek naar brandstoffen die ze van andere steden afnemen.
De wereld wordt nog steeds geteisterd door het virus dat mensen in zombies veranderd. Alice (Milla Jovovich) blijft op haar pad toch steeds meer overlevenden vinden en samen zoeken ze naar een veilige haven. In haar gevecht met de 'Umbrella Corporation' krijgt Alice onverwachte hulp van een oude bekende.
Ergens in de toekomst wordt Terra (Gertz) met haar - voornamelijk mannelijke - gaden gevangen gehouden door Grock (Jordan), een soort nazi. Het groepje bereidt een ontsnapping voor met behulp van de 'Bhodi', een oude mystieke kracht.