カウボーイ人形のウッディはアンディ少年の大のお気に入り。だがそれも誕生日プレゼントでアクション人形バズ・ライトイヤーを手にするまでの事だった。NO．1の座を奪われたウッディは何とかバズをこらしめようとするが、バズはバズで自分が本物のスペース・レンジャーだと思い込んでいる有り様。そんな二人がふとしたいざこざから外の世界に飛び出してしまう。なんとか我が家へ帰還しようとする二人だが、なんとアンディの隣に住む悪ガキのシドに捕まってしまった……。

シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

砂漠の都アグラバー。貧しい若者アラジンは、泥棒と間違われていた娘ジャスミンを助け出し、代わりに捕まってしまう。なんとジャスミンは、王宮から抜け出してきた姫君だった。投獄されたアラジンは、王国乗っ取りを狙う大臣ジャファーの策略で、自由と引き換えに魔法のランプを探す旅に出発することになった。洞窟の奥でランプを発見したアラジンが偶然ランプをこすったところ、なんと中からランプの精ジーニーが現われた。

敗戦から十数年。占領軍統治下の混迷を抜け、国際社会への復帰をめざし高度経済成長を続けるもう一つの日本。しかしスラム化した首都での凶悪犯罪が激増。武装する反政府勢力により首都圏治安警察機構との武力衝突が相次いだ。治安の番人として強化服と重火器で完全武装する、“ケルベロス”というその精鋭集団は、ゲリラを徹底的に排除してゆくのだった。

旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。

発明家を夢見る天才少年ルイスは幼いころに母と生き別れ、養護施設で育つ。彼は一目母親に会いたいという一心で、忘れてしまった記憶を呼び戻すマシーンの開発に熱中し、見事成功。科学フェアでの発表の当日、彼の前に未来からやって来たという少年ウィルバーが現れ……。

シュレックとフィオナは、沼のほとりの小屋には戻らず、遠い遠い王国で蛙の姿に戻り、病に伏せるハロルド国王の代理として騎士叙任や新造船の進水式、パーティへの出席に明け暮れる。面倒で慣れない行事に苦戦し、うんざりしていたシュレックだったが、フィオナの父であるハロルド国王の症状が悪化し、逝去してしまう。王位は自分に相応しくないと思ったシュレックは、ハロルド国王が言い残したもう一人の王位継承者、フィオナの従兄弟のアーサーを連れてくるべく、ドンキーとドラゴンの子供達や妊娠したフィオナに見送られ、ドンキーや長靴をはいた猫と旅に出る。

世界中で爆発的人気を誇るヤツらが帰ってきた。しかし、今度の敵は一筋縄ではいきそうにない。旧敵たちと古代のモンスターたちが、謎のリーダーの指揮の下で手を組んだのだ。果たしてタートルズはニューヨークを守ることができるのだろうか！？