カナダの美しい島、プリンス・エドワード島。グリーン・ゲイブルズと呼ばれる屋敷で暮らすマシューとマリラの老兄妹のもとに、児童養護施設から１３歳の少女アンがやって来た。だが、駅に迎えにいったマシューは、彼女の姿を見て困惑。彼らが養子に望んだのは男の子だったのだ。翌日には彼女を孤児院に返そうと考えた２人だったが、おしゃべりで想像好きなアンの無邪気さは２人の心を動かし、彼らはアンを手許に置く決心をする…。

全てのポケモンの“はじまり”と言われ、「清らかな心と、会いたいと強く願う気持ち」の2つを持つ冒険者の前にだけ現れるという幻のポケモン・ミュウ。世界中のポケモン研究者がその行方を追う中、ついにある科学者がミュウの化石を発見し、それをもとに禁断の行為に手を染めてしまう。人間のエゴによって生み出された伝説のポケモン・ミュウツーは、自身の存在理由も分からないままに兵器としての実験を繰り返され、心の中に人類への憎悪の念を宿していく。