Sekali lagi Bourne dibawa keluar dari persembunyiannya secara tidak sengaja oleh wartawan bernama Simon Ross untuk mengungkap Operasi Blackbriar, kelanjutan dari proyek Treadstone dalam serangkaian kolom surat kabar. Informasi dari wartawan mengungkapkan sebuah ingatan, dan Bourne akhirnya mengungkap masa lalu yang gelap sementara menghindari upaya terbaik Perusahaan untuk menyingkirkannya.

Setelah dikhianati dan ditinggalkan mati di Italia, Charlie Croker dan timnya berencana melakukan pencurian emas yang rumit terhadap mantan sekutu mereka.

Mata-mata paling menarik sedunia melanjutkan pertempurannya melawan si jahat Dr. Evil, yang bekerja sama dengan musuh baru: penjahat tahun 1970-an, Goldmember.