ニューヨークのセントラルパーク動物園。ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは大の仲良し。彼らは安全で快適な動物園の贅沢な暮らしをすっかり満喫していた。しかしある日、外の世界に憧れたマーティがテロリストのペンギンたちと一緒に動物園を脱走、マーティを連れ戻そうと後を追ったアレックスたちともども捕らえられ、ひょんなことから四頭はケニア行きの船に乗せられてしまう。さらに思わぬハプニングで海に投げ出された彼らは、やがてマダガスカル島に漂着。そこで現地の動物たちに迎えられ、生まれて初めて野生の生活に触れた四頭は、次第にそれぞれ本来の習性に目覚めていくのだった。

クリスマスイブの日。ジェリーが住む劇場で開催されていたバレエ「くるみ割り人形」を見たジェリーと仔ネズミのニブルスは、自分たちも踊ることを夢見る。するとクリスマスの奇跡が起こり、その夢が実現。空っぽの舞台はおもちゃの国に変わり、ジェリーはオモチャの国の王様役に変身、バレリーナ人形と踊る。 ところがそこにトムたち野良猫が乱入し、彼らを率いる猫のボスが王国を乗っ取ってしまう。 こうなったらオモチャたちの作者「トイメーカー」に助けてもらうしかないとジェリーは彼に会いに旅立つ。仲間の顔ぶれは本物のオモチャになりたいオーナメントのポーリー、気の小さい木馬のネリー。ところが、猫の王様はトム率いる猫の兵隊たちを追っ手に放つ。果たして、ジェリーはトイメーカーの元にたどり着き、王国と捕らわれのバレリーナを救出できるか。

「トムとジェリー オズの魔法使」の続編。魔法の国オズの都からカンザスの農場に帰ってきた少女ドロシーとトムとジェリー。「やっぱりおうちが一番!」なんて安心しているのもつかの間、空飛ぶサルが襲ってきた!目当てはドロシーが履いているルビーの靴。オズの仲間達と魔法の国オズを救うため再びエメラルドの都へ出発!トムとジェリーがサイコーの笑顔とサイコーの勇気をみんなにおとどけします!