In un momento in cui i mostri camminano sulla Terra, la lotta dell'umanità per il suo futuro fa scatenare Godzilla e Kong su una rotta di collisione che vedrà le due forze più potenti della natura sul pianeta scontrarsi in una spettacolare battaglia per secoli. Mentre Monarch intraprende una pericolosa missione in un terreno inesplorato e scopre indizi sulle origini dei Titani, una cospirazione umana minaccia di spazzare via per sempre le creature, sia buone che cattive, dalla faccia della terra.

Un'eruzione vulcanica al largo della penisola di Izu risveglia un incubo sepolto da 30 anni: è Godzilla, il gigantesco mostro nato da un test atomico nel Pacifico. Nulla sembra poter fermare il colosso verde che, affamato di radioattività, si dirige prima verso la centrale nucleare di Ihama, e poi distrugge un sommergibile sovietico, causando un incidente internazionale. Sovietici e Americani fanno pressione sul Giappone, e Tokyo rischia di venire polverizzata da missili nucleari. A meno che la bizzarra teoria del professor Hayashida non si riveli esatta...

L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...

New York, 1933. Durante la Grande Depressione la fame di fama conduce una troupe cinematografica su un'isola misteriosa per girare un film spettacolare e avventuroso. A bordo della Venture salpano Carl Denham, regista ambizioso, Ann Darrow, un'attrice esordiente e Jack Driscoll, un drammaturgo intellettuale prestato al cinema. Durante una tempesta la nave si incaglia sugli scogli dell'Isola del Teschio, una terra fuori da ogni mappa e governata da un colossale scimmione, Kong, a cui viene offerta in sacrificio la bella Ann. Gli uomini della Venture, nel tentativo di salvare la fanciulla, cattureranno Kong e lo "trasferiranno" a Manhattan per esibirlo come fenomeno da fiera. Ma Re Kong spezzerà le catene e scalerà l'Empire State Building ghermendo di nuovo la bella dai capelli d'oro.

Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...

Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.

Un mostro di enormi dimensioni, Katango, emerge dalle acque delle coste giapponesi con l'obbiettivo di distruggere Tokyo. L'esercito impegna tutte le sue forze per abbatterlo, ma anche i più moderni mezzi non hanno effetto: il mostro ha la capacità di rigenerarsi. Quando tutto sembra perduto, un'altra creatura, uguale a Katango tranne che nel colore, interviene prontamente a difesa degli esseri umani.

Il giovane Ryota non si rassegna alla scomparsa del fratello Yata, dato per disperso dopo una tempesta. Va a cercarlo con una barca, che a causa di una tempesta fa naufragio su un'isola. Qui Ryota scopre che l'organizzazione dei Bamboo Rossi tiene in schiavitù gli abitanti di Infant Island e per tenere lontani i curiosi dall'isola, usano un mostro: Ebirah, un astice gigantesco. Ryota allora raggiunge Infant Island e si ricongiunge con Yata, salvato dagli isolani. I due fratelli trovano sull'isola Godzilla in una sorta di letargo. Decidono per aiutare gli isolani, di risvegliarlo (piantandoli una sciabola nella schiena che viene colpita da un fulmine) per combattere Ebirah e i Bamboo Rossi...

Il ribelle Jake Pentecost, un tempo promettente pilota Jaeger il cui leggendario padre diede la vita per assicurare la vittoria dell'uomo sui mostruosi "Kaiju", decide di abbandonare il suo addestramento, per ritrovarsi coinvolto nel mondo della criminalità. Quando però una minaccia ancora più inarrestabile rischia di abbattersi sulle nostre città e di mettere in ginocchio l'umanità, la sorella Mako Mori, adesso a capo di una nuova e coraggiosa generazione di piloti cresciuti all'ombra della guerra, dà a Jake un'ultima possibilità per dimostrarsi all'altezza dell'eredità lasciata dal padre. Mentre cercano giustizia per i caduti, la loro unica speranza è unire le forze in una rivolta globale contro l’estinzione. Jake verrà affiancato da Lambert, un talentuoso pilota rivale, e dalla quindicenne Amara, un'hacker di Jaeger. Ribellandosi per diventare la più potente linea di difesa mai esistita, faranno rotta verso una nuova, spettacolare avventura di gigantesca portata.

Nei cieli del Polo Nord si svolge un combattimento tra due aerei nemici, uno dei quali viene colpito e precipita e si schianta nel ghiaccio. Questa esplosione, simile a quella nucleare, risveglia Gamera, gigantesca tartaruga alta 60 metri che dormiva sepolta nel ghiaccio da circa 8.000 anni. Il mostro si immerge nel mare e fa rotta verso il Giappone mentre scienziati e forze armate si mobilitano per fermarlo. Una volta raggiunta la terraferma, Gamera, che pure ha rispetto per la vita degli esseri umani specialmente se bambini, provoca una impressionante serie di devastazioni. Però un bambino di questi, fissato con le tartarughe e salvato dallo stesso Gamera, si adopererà per impedire che la gigantesca tartaruga venga uccisa.

A bordo di un piccolo sottomarino, due intraprendenti boy-scout - un americano e un giapponese - incontrano sul fondo del mare Gamera, la gigantesca testuggine, con la quale entrano subito in sintonia: Gamera, infatti, ama i bambini e gioca volentieri con loro. Tutto fila liscio, almeno fino a quando alla cosa non si interessano gli extraterrestri: nella loro mente, dominata dall'imperativo di conquistare la Terra, si fa strada l'idea di servirsi della creatura marina. Dopo aver risucchiati a bordo di un disco volante bambini e mostro, applicano sul collo di quest'ultimo un marchingegno che consente di comandarlo a distanza e gli ordinano di partire alla volta del Giappone per devastarlo. I due piccoli boy-scout riescono a liberarsi e a distruggere il dispositivo che annulla la volontà di Gamera, ma come arma di riserva, gli invasori possono, però, ancora contare su Bairasu, sorta di calamaro gigante, che scatenano contro la testuggine...

Una spedizione nel Pacifico meridionale atterra su un'isola tropicale dove i nativi adorano la misteriosa divinità Gappa. Un terremoto apre una caverna sotterranea e all'interno viene scoperto un cucciolo di rettile. I nativi avvertono gli stranieri di lasciare in pace la schiusa, ma non ascoltano e la riportano in uno zoo in Giappone. Subito dopo, mamma e papà Gappa iniziano a distruggere Tokyo alla ricerca del loro bambino rapito.

Due ragazzini giapponesi, per puro sbaglio, mettono in moto un'astronave e finiscono nello spazio per assistere alla lotta cruenta tra Godzilla (Guiron) e Gaos. Una strana creatura sembiante una tartaruga di nome Grande King (Gamera) però veglierà sui due fanciulli indifesi.