Godzilla incombe sul Giappone e nessun'arma può fermarlo. Intanto una giovane giornalista viene a sapere da un vecchio dell'imminente resurrezione dei tre mostri guardiani che proteggeranno l'umanità dal male. Quando Godzilla sbarca viene in principio aggredito da Baragon, che viene però sconfitto dal rettile gigante. In seguito dovrà vedersela con Mothra che verrà comunque battuta. È il turno di Ghidorah, l'unico che sembra poter eliminare Godzilla, che grazie al potere degli spiriti dei suoi due compagni morti riesce ad avere ragione di lui, anche se dopo un durissimo combattimento Godzilla riesce a sconfiggerlo. Però un anziano comandante di marina vuole ucciderlo per vendicarsi della morte dei suoi genitori provocata dal mostro durante il raid avvenuto nel '54...
Il misterioso Ultraman Tregear è apparso improvvisamente nella città di Ayaka. Tregear chiede cosa si farebbe per realizzare i propri sogni, spingendo Katsumi a cercare il proprio sogno. Mentre un mostro appare per la prima volta dopo un anno, Ultraman Blu e Ultraman Rosso si uniscono a Ultraman Geed per affrontare questa nuova minaccia. Camminando verso il loro sogno con il cuore della famiglia Minato in mano, nasce Ultraman Gruebe.
2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente film. Il giorno dopo, lo scrittore Kenichiro Terasawa e l'editore Chiaki Morimura intervistano un soldato reduce della seconda guerra mondiale, che afferma di aver visto un dinosauro ancora vivo sull'isola di Lagos, nel Pacifico...
Un organismo alieno giunge sulla Terra portato da un meteorite. Questo organismo si alimenta con le sostanze degli scarichi industriali, e visto che il Giappone è ricco di industrie, rapidamente l'alieno, chiamato Hedorah, cresce e diventa una sorta di gigantesca ameba tossica che comincia a far strage di esseri umani mediante getti di acido capaci di corrodere una persona fino all'osso. Tra i primi ad accorgersi del pericolo c'è il dottor Yano, rimasto sfigurato da un incontro con la creatura durante un'immersione. Mentre Hedora acquista anche la capacità di volare (durante il volo rilascia gas tossici), gli umani invocano l'intervento di Godzilla. Ma neppure lui sembra essere in grado di battere Hedora...
Mentre alcuni scienziati tentano di controllare telepaticamente Godzilla, una stazione della NASA viene attaccata da una strana creatura, molto simile a Godzilla. Il Giappone manda contro questa minaccia il robot Moguera che viene sconfitto facilmente. La creatura atterra su un'isola dove rapisce il piccolo Godzillosauro. Godzilla si lancia alla ricerca del mostro per salvare il piccolo.
Godzilla viene risvegliato da un'eruzione vulcanica al largo del Giappone e si dirige alla volta della centrale nucleare di Ihama. Nulla appare in grado di fermarlo....
Nella città di Tokyo un'arma satellitare apre un varco temporale dal presente al passato, attraverso il quale arriva un uovo argentato dal quale nasce una libellula gigante (identica alle larve del film Rodan) che arriva nella città e deposita un agglomerato di uova da cui nascono centinaia di insetti giganti. Alcuni di essi prelevano del sangue di Godzilla, nel frattempo giunto in città. Dopo un primo duello con Godzilla gli insetti si uniscono insieme al D.N.A di Godzilla facendo nascere Megagurius, un insetto gigante che ricorda molto la sorella di Mothra, Battra, anche se più spaventosa. Nel duello finale Godzilla sconfiggerà Megaguirus con un potentissimo raggio atomico salvando la città.
Una sonda spaziale, in cui si sono infiltrate delle creature aliene con lo scopo di conquistare la Terra, precipita nei pressi di un atollo del Pacifico. Trasformatesi in un polipo, un granchio e in una tartaruga dalle gigantesche dimensioni, le creature vengono scoperte da un imprenditore senza scrupoli, il quale progetta di usarle come attrazioni principali del complesso turistico che ha in mente di costruire sull'isola.
Il protettore del regno acquatico di Seatopia, un gigantesco insetto chiamato Megalon, viene inviato contro gli esseri umani. Ma per poterlo comandare è necessario rubare l'ultima invenzione del professor Goro Ibuki. Si tratta di un cyborg molto avanzato che però sfugge al controllo degli invasori e si scaglia contro Megalon. Dallo spazio in soccorso di Megalon giunge Gigan. Adesso sono due mostri a combattere contro un solo cyborg ma in suo aito arriva Godzilla.
Mentre in un'isola del Pacifico, il dottor Nelson lavora agli scavi archeologici che proverebbero l'esistenza di King Kong, al Polo Nord il dottor Who costruisce - facendo proprio un progetto di Nelson - una copia meccanica del gigante per utilizzarla nella ricerca dell'elemento X, sostanza radioattiva di infinita potenza. Nei piani di Who, il prezioso e pericolosissimo elemento andrebbe poi venduto a Madam X che lo utilizzerebbe per ricattare il mondo intero ... E' questo soltanto l'inizio di una movimentatissima storia che vede riapparire il leggendario King Kong, forte e pimpante come non mai, ancora una volta alle prese con animali mostruosi, ancora una volta acceso da passione per una bella ragazza.
Ichiro, un bambino appartenente a una povera famiglia, viene continuamente preso di mira da un bullo del quartiere, Gabara. Il piccolo trova un sostegno morale stringendo amicizia telepaticamente con Minilla, il figlio adottivo di Godzilla, che si trova sull'Isola dei Mostri. Anche lui è angariato da un mostro elettrico, che guarda caso si chiama Gabara. In seguito Ichiro scopre che in un magazzino vicino alla sua casa sono nascosti due ladri, che lo rapiranno. Ichiro, con l'aiuto mentale di Minilla, riuscirà a consegnare i rapinatori alla polizia e riuscirà a battere il suo rivale, mentre sull'Isola Minilla farà combattere Gabara con Godzilla...