Hellboy, pacarnya yang pirokinetik, Liz, dan empati akuatik, Abe Sapien, menghadapi pertempuran terbesar mereka saat seorang pangeran peri dunia bawah berencana untuk merebut kembali Bumi demi kerabatnya yang ajaib. Bosan hidup dalam bayang-bayang manusia, Pangeran Nuada mencoba membangkitkan kekuatan kuno mesin pembunuh, Golden Army yang sangat kuat, untuk membersihkan jalan bagi makhluk-makhluk fantasi agar bebas berkeliaran. Hanya Hellboy yang dapat menghentikan pangeran kegelapan dan mencegah pemusnahan umat manusia.

Setelah berusaha menjalani kehidupan normal, Logan berusaha membalas kematian pacarnya dengan menjalani program mutan Weapon X dan menjadi Wolverine.

Seorang pria yang buta karena kecelakaan masa kecil memerangi kejahatan dengan menggunakan indra yang tersisa yang dimilikinya yang telah ditingkatkan secara super.