無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。

第二次大戦末期、ドイツから極秘裏に運ばれた一つの秘密兵器があった。それは人造人間“フランケンシュタインの不死の心臓”である。日本軍はこの心臓をもとに、人間兵器を造ろうとしたのだ。だがそれは、広島の原爆によって研究途上で失われてしまう。そして十数年後、その心臓から再生した少年が登場したのだった……。

それは人類の誰も気づかぬうちに始まった。最新を誇る遺伝子実験の失敗によってゴリラ、オオカミ、ワニなどが猛烈に巨大化、凶暴化してしまう。この巨獣たちは、破壊活動を続けながら北米大陸を横断し、高層ビルが林立する街で大乱闘を繰り広げる。人々が逃げ惑う中、軍隊が出動し銃やミサイルで攻撃するが巨獣たちの暴走を抑えることはできなかった。

天才科学者のリチャーズは、元恋人のスー、スーの弟でパイロットのジョニー、そして親友のベンとともに、宇宙に出て実験を行うことになった。だが事故により宇宙線を浴びて4人とも超能力を得てしまう。彼らはこの力を世のために役立てようと考え、スーパーヒーローチーム「ファンタスティック・フォー」を結成する。