帝国暦488年（宇宙暦797年）、ラインハルトは門閥貴族連合との内戦に勝利し、名実ともに銀河帝国の最高権力者となる。しかし、自らの半身ともいうべきキルヒアイスを喪った哀しみは、彼の心に暗い影を落としたままであった。時を同じくして、自由惑星同盟では、救国軍事会議によるクーデターを鎮圧したヤン・ウェンリーが、名将としての声望をますます高めていた。しかし、権力に固執する同盟政府の政治家たちは、ヤンへの警戒心を強めていく。 翌年、銀河帝国軍はイゼルローン要塞の奪還作戦を開始した。過去も現在も難攻不落を誇る軍事拠点に対し、ケンプ提督率いる帝国軍は驚くべき攻略法をもって攻めかかる。それは、これまでの歴史にない戦闘の始まりとなるのであった。
都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太はグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始める。
新宿の裏通り界隈を根城にするホームレスの中年男性ギン、オカマのハナ、家出娘のミユキはクリスマス・イヴの夜、ゴミ置き場に捨てられた赤ん坊を発見。ギンは赤ん坊を警察に届けようとするが、子どもを育てることが夢だったハナは赤ん坊を勝手に《清子》と命名し、自分たちで親探しをしようと決める。だが、手がかりになりそうなものは赤ん坊と一緒にあったわずかな写真と名刺だけ。翌日、3人は写真の場所を探して歩き回る。
仕えるべき主をもたぬ「はぐれ忍び」牙神獣兵衛は、望月藩お抱えの甲賀組忍びでくノ一の陽炎を偶然助ける。彼女は、下田村に広まった疫病の原因を解明するために仲間たちと一緒に潜入したところを、謎の忍び軍団・鬼門八人衆に襲われたのだ。仲間はすべて殺され、生き残ったのは彼女のみ。陽炎を助けたために、鬼門八人衆に狙われることになった獣兵衛は、その最中、公儀隠密・濁庵の罠にはめられ、敵の陰謀を探る羽目になる。その中で獣兵衛は、みずからがはぐれ忍びとなった過去の因縁と向き合っていく。
人は皆、それぞれ自分の世界を持っている。34人の生徒がざわめくこの２年１組の教室の中にだって、沢山の世界がある。吉田や渡辺なんかと一緒に昨晩のアニメについて熱く語れるのが、僕──本城彰男の世界。楽しいし、居心地だっていい。……でも、本当はいつも考えている。教室の向こう側で華やかな友人に囲まれて笑っている、真境名樹里の世界のことを。ある日、僕は彼女の世界に触れることになる。言うほど単純なことではないんだけれど。
アメリカ大統領直属のエージェントのレオンは、機密情報を握るアントニオ・テイラーを拉致した武装集団の車両を追っていた。だが突如現れた謎の女の妨害に遭い、犯人たちを取り逃がしてしまう。 一方、対バイオテロ組織「B.S.A.A.」のクリスは、サンフランシスコを中心に起きている、感染経路不明のゾンビ発生事件を担当していた。 調査の結果、ウィルスの被害者全員がある場所を訪れていたことを突き止める。 そこは、かつて刑務所として使用されていた監獄島・アルカトラズだ。
2009年、地球は異星人ゼントラーディとの交戦状態に陥った。避難民5万8000人を乗せ、それ自体が宇宙都市ともいえる巨大宇宙戦艦マクロスは、太陽系外縁から地球へ帰還すべく旅を続けていた。そんなある日、艦内に敵が侵入、若き戦闘機パイロット一条輝は、襲われていた民間人の女性を危機一髪のところで救出する。なんと彼女は、人気歌手のリン・ミンメイだった。この救出劇を機に、2人は親しくなっていく。
すべてが朱に染まる夕暮れ、篠原重工の天才プログラマー・帆場暎一が、バビロンプロジェクトの要となるレイバー用海上プラットホーム「方舟」から投身自殺する。その口元に嘲りの笑みを浮かべながら…。これが、すべての始まりであった。 時期を同じくして、レイバーが突如暴走する事件が多発。遂には自衛隊の試作レイバーまでが無人で暴走事件を起こす。 特車二課第1小隊は、近々正式配備される新型パトレイバー（通称「零式」）に関する研修中のため不在。単独で暴走事件の処理に追われる第2小隊の篠原遊馬巡査は、多発する暴走事件の異常性にいち早く気付いて独自に調査を始め、原因が暴走した機体すべてに搭載されていた篠原重工製の最新レイバー用OS「HOS」(Hyper Operating System)ではないかと推測する。また、同様の疑念を抱いていた第2小隊長・後藤喜一警部補は、「HOS」の主任開発者だった帆場の捜査を、本庁の松井刑事に依頼していた。 遊馬の調査の結果、「HOS」が意図的に引き起こす暴走が事件の原因で、暴走の引き金が強風によって建造物から発せられる低周波音であることが明らかとなるが、知らせを受けた警視庁上層部や政府は、有力企業である篠原重工との関係やHOSを認可した国の責任問題の隠蔽を重視し、旧OSに戻すこと（公式には「HOS」のバージョンアップと称される）で政治的決着を図ろうとする。 そしてすべての謎が解明された時、大規模な暴走の引き金となる強風=台風の接近と、その台風により大音量の低周波音を発する東京湾上の浮遊建造物「方舟」を解体するため、第2小隊は「方舟」に向けて緊急出動する。
世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。
ひょんな事から岐阜から東京の江戸川へ行った猫のルドルフは、教養のある猫イッパイアッテナに出会い意気投合する。イッパイアッテナはルドルフを岐阜に帰らせる方法を模索しつつ、ルドルフに字の読み書きを教える。ルドルフは飼い猫ブッチーに出会い、岐阜へ帰る方法を発見するが、岐阜へ出発する前日にブルドッグのデビルと喧嘩してイッパイアッテナが重傷を負う。
少し暗い陰を持つ高校生・中園真。彼には幼い頃より、魂を連れ去る「黒い存在」が見えてしまうという不思議な力があった。ある日不意に「黒い存在」の一人・瀬野晶に話しかけられ「自分たちの邪魔をする気か？」と問い詰められる。しかし真は「どうせ何も出来ないので邪魔はしない」と諦めの態度を見せるだけだった。そう、その時はまだ、幼馴染の葉月に迫る不穏な影に、真は気づいてはいなかったのだ･･･。
父の仕事の都合で一時的に都会から山の学校に転校してきた女の子。 クラスの子供たちから”風の子”と勘違いされ、ちょっと遠巻きな扱いを受けます。少女に興味を抱く男の子は仲良くなりたいのですが 気になりながらもなかなか近づけません。女の子は田舎暮らしはあまり気に入らず、早く帰りたいと思っていますが 偶然に本物の風神様に出会ってしまったことで 周りとの微妙な距離感を取りつつも和に加わっていきます。子供たちの持つ畏怖と柔軟さ、恋愛以前、といった風景を 童話を通して短く、儚く描ければと思います。
ある日、寒さに震えていた一匹の小さな捨て猫が、心優しき青年、時夫に拾われました。仔猫はチビと名付けられ、その日から須和野家の一員になります。時夫の事が大好きになったチビ猫は、いつか自分も人間になって、時夫の恋人になれると信じて疑いません。そんな時、世にも美しい銀色の猫、ラフィエルが彼女の前に現れたのです──。