De wereld staat versteld wanneer een groep tijdreizigers van het jaar 2051 arriveert om een dringende boodschap te brengen: dertig jaar in de toekomst verliest de mensheid een wereldwijde oorlog tegen een dodelijke buitenaardse soort. De enige hoop op overleving is dat soldaten en burgers uit het heden naar de toekomst worden getransporteerd en zich bij de strijd voegen. Onder degenen die zijn gerekruteerd is Dan Forester, leraar op de middelbare school en huisvader. Vastbesloten om de wereld te redden voor zijn jonge dochter, werkt Dan samen met een briljante wetenschapper en zijn vervreemde vader in een wanhopige zoektocht om het lot van de planeet te herschrijven.
De briljante student Derek heeft in zijn jeugd een UFO gezien, een ervaring die hem nog steeds achtervolgt. Nu, jaren later, gelooft hij dat de waargenomen projectielen nabij meerdere luchthavens leiden naar UFO's.
Astronauten Glenn en Fuji onderzoeken Planeet X en ontmoeten mysterieuze buitenaardse wezens die bekend staan als de Xiliens, die de mensen op aarde vragen om hun wereld te redden van 'Monster Zero'. In ruil voor het lenen van Godzilla en Rodan bieden de Xiliens een geneesmiddel tegen kanker aan. Terwijl Glenn onderzoek doet, ontwikkelt hij een romance met juffrouw Namikawa en ontdekt hij de ware bedoelingen van de Xilien.
De familie Pearson wil een weekend weg en besluit hun vakantiehuis weer eens op te zoeken. Ze ontdekken echter dat deze is overgenomen door aliens. De tienerdochter Bethany ontdekt al snel dat ze alles op alles moeten zetten om te voorkomen dat deze aliens de wereld zullen overnemen.
De gebeurtenissen spelen zich tegelijkertijd af met die uit de eerste film. Dit keer zet de ruige rechercheur Mark alles op alles om zijn zoon Trent te bevrijden van een oorlogsschip met gewelddadige aliens aan boord.
Het rustige leven van een vuurtorenwachter en zijn gezin wordt verstoord wanneer een vliegende schotel en zijn buitenaardse bewoners binnenvallen.
Vijf filmstudenten zijn bezig met het maken van een documentaire over de plaatselijke dierentuin als de dieren plotseling gek worden: de reden is een lichte bal die door de lucht vliegt en aan de horizon neerstort. Ervan overtuigd dat ze zojuist getuige zijn geweest van een meteoorlanding, volgen de studenten het traject om de gebeurtenis met hun camera vast te leggen. In een bosgebied ontdekken ze een verbrande krater. Omdat het te donker is om te filmen, besluiten ze de nacht in hun busje door te brengen. De volgende ochtend wordt een van hen vermist. De overige studenten vinden eerst een bloedspoor en vervolgens de verscheurde stukken van wat vroeger hun vriend was. Al snel beseffen ze dat iets op hen jaagt - iets dat niet van deze wereld is.