鉱山町で、見習い機械工として働く少年パズーは、ある日、空から降ってきた不思議な少女シータと出会う。2人は、シータの身に着けていた不思議な「飛行石」を狙う様々な陰謀に巻き込まれていく。

筒井康隆の小説『時をかける少女』が原作であるが、原作の物語の映画化ではなく、原作の出来事から約20年後を舞台に次世代の登場人物が繰り広げる物語を描く続編である。

人は皆、それぞれ自分の世界を持っている。34人の生徒がざわめくこの２年１組の教室の中にだって、沢山の世界がある。吉田や渡辺なんかと一緒に昨晩のアニメについて熱く語れるのが、僕──本城彰男の世界。楽しいし、居心地だっていい。……でも、本当はいつも考えている。教室の向こう側で華やかな友人に囲まれて笑っている、真境名樹里の世界のことを。ある日、僕は彼女の世界に触れることになる。言うほど単純なことではないんだけれど。

戦乱の時代。 明国の武装集団に追われる仔太郎という少年がいた。 逃げこんだ荒寺で仔太郎は、名を捨て刀を封印した不思議な浪人「名無し」と出会う。 赤池の領主と連携をとりながら仔太郎を追ってきた武装集団は、そこで名無しと対峙する。 仔太郎に隠された秘密はあまたの野心を触発し、名無しはのちの宿敵となる男、羅浪と巡り会う。 それぞれの思惑が一気に激流へと変化していく中、果たして仔太郎と名無しの運命は・・・

物語は、広島県広島市舟入本町（現在の広島市中区舟入本町）に住む国民学校2年生の主人公・中岡元（なかおか げん “以下、ゲン”）が、当時日本と交戦していたアメリカ軍により1945年8月6日に投下された原爆で、父・大吉（だいきち）、姉・英子（えいこ）、弟・進次（しんじ）の3人を亡くしながらも、たくましく生きる姿を描く。

宝町で暮らす親を知らない少年クロとシロ。町で“ネコ”と呼ばれるふたりは、かつあげやかっぱらいで暮らしていた。その町で“子供の城”の建設話が持ち上がる。しかし、それは古めかしい宝町を近代化して支配しようとするヤクザの仕業。昔気質のヤクザのネズミは反対するが、彼のボスは謎の男“蛇”にこの計画を一任していた。残酷な蛇はクロとシロを邪魔者だと判断し、刺客をおくる。ケンカでは誰にも負けない凶暴なクロだったが、刺客の前では手も足も出ない。そして追いつめられたシロは刺されてしまう…。

西暦2029年。他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中の凄腕ハッカー、通称「人形使い」が入国したとの情報を受け、公安9課は捜査を開始するが、人形使い本人の正体はつかむことが出来ない。 そんな中、政府御用達である義体メーカー「メガテク・ボディ社」の製造ラインが突如稼動し、女性型の義体を一体作りだした。義体はひとりでに動き出して逃走するが、交通事故に遭い公安9課に運び込まれる。調べてみると、生身の脳が入っていないはずの義体の補助電脳にはゴーストのようなものが宿っていた。

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。

近未来。人間とロボットが共存する巨大都市国家メトロポリスは、有力者・レッド公の超高層ビル“ジグラット”のオープンにわきたっていた。ところが、そのビルこそ世界征服を企むレッド公の野望の拠点となるべき城砦でもあったのだ。そして、その最上階に座るロボット守護神・ティマが、臓器売買、生体実験の罪で国際手配されているロートン博士の手によって今まさに完成されようとしていた。しかしその直前、ロートン博士はレッド公の養子で、世界の支配権をロボットに委ねることをよしとしないロックによって殺害され、研究所も破壊されてしまう。ただティマだけは、ロートン博士を追って日本からやって来た私立探偵・伴俊作の甥・ケンイチによって炎の中から助け出され、メトロポリスの地下へと逃げ延び、そして地下生活の中で、ティマとケンイチは人間として心を通わせるようになるのであった。しかし、レッド公の陰謀によって勃発した反ロボット革命派のクーデターに巻き込まれたふたりはレッド公の手に落ち、更にレッド公によって自分がロボットだと知らされショックを受けたティマは、全世界のコンピュータを支配する超コンピュータに変身すべく、自ら進んで超人の椅子に座した。だがその時、ティマを破壊しようとしたことを咎められ、レッド公によってジグラットを追放されていたロックがビルを爆破。全てが崩れ去る中、ティマも瓦礫の下敷きとなってしまう。ティマを失い愕然とビル崩壊現場を彷徨うケンイチ。そんな彼に、ロボットたちがティマの部品を集めてくれる。

各国の軍事衛星をオリュンポスの管理下に置く事を議題とした国際会議の開催を控え、デュナン達ESWATはテロリストの鎮圧に従事していたが任務中に彼女を庇ったブリアレオスが負傷した。傷心のデュナンの前に、新たなパートナーとしてブリアレオスの遺伝子から創られた生身の彼と同じ顔の戦闘用バイオロイド・テレウスが現れる。やがて国際会議の開催中に、ウェアラブル・インターフェイスの着用者が突然正気を失い破壊活動を行う事件が頻発する。しかしそれは、さらなる大規模なサイバーテロの予兆に過ぎなかった。

ルパン三世との共謀の容疑で、銭形警部に逮捕令状が出される。それを知ったルパンはテレビに出演し誤報であることを伝えるが、誤解を解く代わりに特別なダイヤモンド「タイムクリスタル」を盗むはめになる。そのダイヤは、世界征服をも可能にするスーパー量子コンピューター・エミルカを起動するために必要なものだった。ルパンは見事ダイヤを盗むことに成功するが、仲間のはずの次元に奪われてしまう！　その頃ロンドンではショパンコンクール最有力優勝候補の少女・アリサが誘拐される。

祖母の駄菓子屋を継ぐため、京都に引っ越してきた美大生・本天沼久美。だが、空き家だったはずの駄菓子屋には、ハラミ・Ｋ・舞の三人の少女と犬一匹が住み着いていた！　なんと、ハラミたちは魔王を追って、剣と魔法の世界からこちらの世界へ転生してきた勇者達だったのだ！　しかし、転生の影響で力を失った彼女たちは普通の人となり、しかもリーダーの姫騎士アーネリアは犬の姿に変わり果てていた・・・。身寄りも常識もない彼女たちを追いだすこともできず、久美はおかしな仲間たちと同居をすることに。元の世界での使命感からも開放され、平和な世界にも馴染みはじめ、それぞれが自由気ままに暮らしていたある日。力を失い、小学生となった、元魔王・らんが彼女たちの前に現れ、こう告げた。「私と一緒に、魔王の欠片を集めてもらえませんか？」

海を蹂躙する謎の敵「深海棲艦」。在りし日の艦艇の魂を胸に抱き、その脅威に唯一対抗できる「艦娘」たち。艦娘たちの拠点「鎮守府」の存亡をかけ双方が激突した「MI作戦」では特型駆逐艦「吹雪」の活躍もあり艦娘たちが勝利を収めたが、その激戦以降、彼女たちの戦いはますます熾烈なものとなっていた。MI作戦の成功を足がかりに、鎮守府の戦力は南方の海域に進出。敵泊地の攻略を続け、その戦域を少しずつ拡大していた。その中で新たな前線基地に集結し、次の作戦に備える艦娘たち。戦いを経て成長し、そして新たな戦力も加わって続けて作戦に成功を収め意気上がる彼女たちだったが、目標とする海域に重大な異変が発生していることが判明する。そこで艦娘たちを待ち受けるものとは――。

千葉県の舞浜南高校に通う「ソゴル・キョウ」は、幼なじみの「カミナギ・リョーコ」やケンカ仲間の悪友たちに囲まれて、 たったひとりの水泳部を再興する為に奮闘していた。 日々の生活に小さな不思議がいくつも重なり、やがてキョウは世界の秘密に気付いてゆく。 くり返される日常――――そこはまさにループする世界だった。 実験場として世界を改変しようとするガルズオルムと、永遠の夏に閉じ込められた人類の戦いはたったひとつの希望、 光の鎧ゼーガペインと「ミサキ・シズノ」の微笑みによって大きく変化してゆく。

地球を征服するために電次元から現れた高飛車な少女コンパイラと可憐な乙女のアセンブラ。二人は地球征服をゲームのようにはじめるが、あっさりと失敗。偶然出くわした五十嵐那智と淑の家に居候の身となる。夜の町を一人で歩くコンパイラは元気がなかった。それを気にした淑は声を掛けようとし…。

経営に行き詰まっている聖正病院。“死神病院”と噂されているこの病院では、３年前、医療ミスで患者を死なせた医師が自殺していた。そして３年後の今、外科部長が何者かによって殺害されてしまった。食べ過ぎで担ぎ込まれていたはじめが、消化不良に苦しみながら事件の解決に乗り出すことになる。はじめの鋭い目は、病院を経営する聖正一族の不審な挙動を見逃さなかった。殺人現場に落ちていた赤いリボンのついた鈴を目にした途端、彼らの表情が凍りついたのだ。その晩、どこからともなく鈴の音が聞こえてくる。音を追ったはじめは、黒マントをはおった不気味な人影を目撃。直後に看護婦長までも殺されてしまう。医療ミスで死んだ患者にまつわる赤い鈴、鈴を鳴らして死神が現れるという病院の噂…はじめは思わぬところからヒントを得て、事件のトリックを暴き出す！