Aragorn dinyatakan sebagai pewaris raja-raja kuno saat ia, Gandalf dan anggota-anggota lain dari persekutuan yang rusak berjuang untuk menyelamatkan Gondor dari pasukan Sauron. Sementara itu, Frodo dan Sam membawa cincin itu lebih dekat ke jantung Mordor, kerajaan penguasa gelap.

Hobbit muda Frodo Baggins, setelah mewarisi cincin misterius dari pamannya, Bilbo, harus meninggalkan rumahnya agar tidak jatuh ke tangan penciptanya yang jahat. Sepanjang jalan, persekutuan dibentuk untuk melindungi ringbearer dan memastikan bahwa cincin itu tiba di tujuan akhirnya: Mt. Doom, satu-satunya tempat di mana ia bisa dihancurkan.

Frodo dan Sam sedang berjalan ke Mordor untuk menghancurkan Satu Cincin Kekuasaan sementara Gimli, Legolas dan Aragorn mencari Merry dan Pippin yang ditangkap Orc. Selama ini, penyihir jahat Saruman menunggu anggota Fellowship di Menara Orthanc di Isengard.

Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika para penguin merakit ulang sebuah pesawat yang hancur. Rakitan tersebut dapat mengudara sesuai dengan jarak ke benua Afrika. Di Afrika, mereka menemukan anggota lain dari spesies mereka. Afrika terbukti merupakan tempat yang liar, tapi Alex dan lainnya ingin tahu apakah Afrika lebih baik dari rumah mereka di Central Park.